직원 12명인 SW개발 법인으로 2026년 3월 연구개발전담부서 인정을 받았고, 개발자 5명의 연봉 합계는 3억원입니다. 이 중 2명은 고객사 유지보수 업무를 절반가량 병행하는데, 이들 급여도 연구인력개발비 세액공제 대상인지, 인정일 이전인 1~2월 급여도 공제되는지, 어떤 증빙을 갖춰야 하는지 알고 싶습니다.

Question

Accepted Answer

SW개발 기업이 연구인력개발비 세액공제를 받으려면 인정받은 연구개발전담부서에서 연구업무만 전담하는 인력의 인건비여야 하고, 신고 후 점검에 대비해 연구개발계획서·보고서·연구노트와 급여 자료를 증빙으로 갖춰야 합니다. 질문하신 법인의 경우, 개발자 5명 중 유지보수를 절반가량 병행하는 2명은 전담요원으로 인정받기 어려워 공제에서 빠질 가능성이 높습니다. 또한 전담부서 인정일 이전인 1월과 2월 급여는 공제 대상이 아니므로, 인정일 이후 전담 인력 3명의 인건비를 기준으로 계산하는 것이 안전합니다.

1. 공제 대상 인건비는 한국산업기술진흥협회에서 인정받은 연구소나 연구개발전담부서에 소속된 연구전담요원의 인건비입니다. 연구원 명단에 이름이 올라 있어도 실제로 다른 업무를 겸하고 있으면 전담요원으로 보지 않는 것이 과세관청의 일반적인 입장입니다.
2. 고객사 유지보수는 연구개발 활동에서 제외되는 일상적 업무에 해당합니다. 그래서 절반가량 수행했다고 업무시간 비율로 나누어 절반만 인정받는 방식도 원칙적으로 기대하기 어렵습니다. 이 2명의 급여까지 공제받으려면 유지보수 업무를 다른 직원에게 넘기고, 전담으로 바뀐 시점부터 업무분장 근거를 남겨야 합니다. 그렇게 하기 어렵다면 공제 대상에서 빼고 신고하는 편이 안전합니다.
3. 공제는 전담부서 인정일 이후 발생한 인건비만 대상입니다. 1월과 2월 급여는 제외됩니다. 인정일이 3월 중순이라면 3월분도 인정일 이후 기간에 해당하는 금액만 반영합니다.
4. 인건비 중에서도 빠지는 항목이 있습니다. 퇴직급여, 퇴직급여충당금, 그리고 목표 이익을 초과 달성했을 때 일정 비율로 나누어 주는 이익처분 성격의 성과급은 제외됩니다. 지분을 10% 넘게 가진 주주이면서 임원인 사람의 인건비도 대상이 아닙니다.
5. 2026년 기준으로 중소기업의 일반 연구개발비는 당기 발생액의 25%를 공제받는 방식이 기본입니다. 증가분 방식도 있지만, 전담부서를 새로 만든 첫해에는 비교할 직전 연도 비용이 없어 사실상 당기분 방식으로 계산하게 됩니다.
6. 증빙으로는 과세연도별 연구개발계획서, 연구개발보고서, 연구노트를 작성해 보관해야 합니다. 여기에 전담부서 인정서, 연구원 명단과 변동 신고 내역, 급여대장, 원천징수 내역, 근로계약서, 업무분장표도 함께 갖춥니다. SW개발은 결과물이 눈에 보이지 않으므로 소스코드 커밋 이력, 이슈 관리 기록, 설계 문서를 연구노트와 연결해 두면 실질 연구를 입증하기 쉽습니다. 신고할 때는 세액공제신청서와 연구 및 인력개발비 명세서를 함께 제출합니다.

계산 사례: 개발자 5명의 연봉이 각 6천만원으로 같고, 전담부서 인정일이 3월 1일이라고 가정해 보겠습니다. 전담 인력 3명의 연간 인건비는 1억 8천만원이고, 인정일 이후 10개월분은 1억 5천만원입니다. 여기에 25%를 적용하면 공제세액은 3,750만원입니다. 실무에서 흔한 실수는 5명 전원의 1년치 급여 3억원을 넣는 경우입니다. 이 경우 10개월분 2억 5천만원으로 계산해도 6,250만원을 신고하게 되고, 사후 검토에서 2,500만원이 부인되면서 가산세까지 붙을 수 있습니다.

주의: 인정서를 받은 뒤 연구원의 입사, 퇴사, 업무 변경을 연구원 명단에 반영하지 않아 공제가 통째로 부인되는 경우가 자주 있습니다. 겸직 인력을 어떻게 처리할지, 이익처분 성격의 성과급이 섞여 있는지처럼 판단이 필요한 부분이 있다면 신고 전에 세무사와 상담하시기 바랍니다. 국세청 사전심사 제도를 활용할지도 함께 검토하시는 것을 권합니다.

SW개발 연구인력개발비 세액공제 증빙 2026, 유지보수 병행자

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주의할 점

법령 근거

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