연구인력개발비 세액공제, 지배주주·배우자 연구원 인건비도 인정될까

배제 기준은 "주주인 임원"입니다. 해당 법인의 지배주주등에 해당하는 사람, 발행주식총수의 10%를 초과해 주식을 소유한 주주, 그리고 그런 주주의 특수관계인이 임원 지위에 있는 경우가 여기에 걸립니다. 질문하신 상황이라면 45%를 가진 대표자는 지배주주이자 10% 초과 주주에 해당하고, 15%를 가진 배우자도 10% 초과 주주인 동시에 지배주주의 특수관계인이므로, 두 분 모두 임원이라면 급여는 세액공제 기초에서 빠집니다. 연구원 4명 인건비 3억원 중 두 분 급여를 제외한 나머지 금액에 2026년 기준 중소기업 일반 연구개발 공제율 25%를 적용하게 됩니다. 갈림길은 임원인지 여부에 있습니다. 주식을 많이 보유하고 있어도 임원이 아닌 직원으로서 연구업무만 수행한다면 배제 대상이 아니고, 반대로 임원이더라도 주식을 한 주도 갖고 있지 않다면 "주주인 임원"에 해당하지 않아 인건비가 인정됩니다. 국세청도 지배주주와 특수관계에 있더라도 본인이 주식을 보유하지 않았다면 배제 대상이 아니라고 회신한 사례가 있습니다. 여기서 임원은 등기 여부만으로 판단하지 않고 실제 수행하는 직무를 기준으로 봅니다. 실무에서 자주 보는 실수는 대표이사를 연구소장으로 등재해 급여 전액을 공제 기초에 넣었다가, 몇 년 뒤 세무조사나 경정 과정에서 세액공제가 부인되고 가산세까지 함께 부담하는 경우입니다. 연구소 인정 요건과 세법상 공제 대상자 요건이 별개라는 점을 놓친 탓입니다. 참고로 퇴직급여충당금 전입액처럼 당기 노무의 대가로 보기 어려운 항목도 인건비에서 빼야 한다고 본 심판 사례가 있으니, 인건비 집계 범위 자체도 다시 점검해 보시는 것이 좋습니다. 배제 대상이 아닌 나머지 연구원이라도 연구업무와 생산·영업 업무를 겸하고 있으면 전담성이 쟁점이 되므로, 근무일지와 연구노트로 연구 수행 사실을 남겨 두시는 편이 안전합니다. 바이오 소재 분야는 신성장·원천기술 연구개발로 분류될 여지가 있어 적용 공제율이 달라질 수 있는데, 대상 기술 범위와 증빙 요건은 사안마다 달라지므로 실제 적용 전에 세무사와 함께 구체적으로 검토해 보시길 권해 드립니다.