반도체 장비 제조 법인입니다. 2013~2018년 연구원 발명을 회사가 승계해 출원한 특허 9건에 대해, 보상규정이 없어 보상금을 한 번도 지급하지 않았습니다. 올해 이익이 많아 연구원 6명에게 총 1억 2천만원을 일괄 지급하려는데, 10년 소멸시효가 지난 건도 손금으로 인정되나요? 인정되지 않으면 받는 직원에게는 근로소득으로 과세되는지도 궁금합니다.

Question

Accepted Answer

직무발명보상금은 회사가 직원의 발명을 승계하면서 생기는 정당한 보상 채무입니다. 따라서 직무발명보상금 소멸시효 10년이 지났더라도, 회사가 시효의 이익을 포기하고 업무와 관련해 지급한다면 지급의무와 금액이 확정된 사업연도의 손금으로 볼 여지가 큽니다. 질문하신 법인은 보상규정이 없어 금액이 올해 처음 정해지므로 원칙적으로 올해 손금 처리가 가능합니다. 다만 산정근거 없이 이익 규모에 맞춰 지급하면 보상금이 아닌 상여로 볼 위험이 있고, 직원은 어느 경우든 근로소득으로 과세됩니다.

1. 소멸시효 기산점 확인
보상규정이 없는 경우, 판례는 회사가 특허 받을 권리를 승계한 시점부터 10년의 소멸시효를 계산하는 것이 일반적입니다. 지금 시점에서 보면 2016년 10월 무렵 이전에 승계한 건은 시효가 완성되었을 가능성이 높습니다. 그 이후 승계한 건은 아직 청구권이 살아 있습니다. 특허 9건마다 승계일을 따로 확인해야 합니다.
2. 손금 귀속시기
보상금은 지급의무와 금액이 확정된 날이 속하는 사업연도의 손금입니다. 과거에는 규정도 약정도 없어 금액이 정해진 적이 없으므로, 과거 사업연도로 소급할 필요는 없습니다. 올해 직원과 협의해 금액을 확정하고 지급하면 올해 비용이 됩니다.
3. 시효완성분의 처리
시효가 지난 건은 법적 지급의무가 없습니다. 그래도 회사가 연구원의 기여에 대한 보상으로 지급하면 인건비 성격의 비용으로 손금 인정 가능성이 있습니다. 반면 지급 대상에 임원, 지배주주나 그 특수관계인이 있거나 금액이 자의적이면 부인될 위험이 커집니다. 특히 임원은 임원 상여 지급기준을 넘는 부분이 부인될 수 있습니다.
4. 받는 직원의 과세
재직 중 받는 직무발명보상금은 근로소득입니다. 다만 2026년 기준 연 700만원까지는 비과세됩니다. 퇴직 후 받으면 기타소득으로 과세됩니다. 지배주주 등과 특수관계에 있는 사람은 비과세가 적용되지 않습니다. 또 세무상 상여로 재분류되면 비과세 없이 전액 근로소득이 됩니다.
5. 실무 절차
지급 전에 직무발명 보상규정을 제정하고 직원에게 알립니다. 특허별 발명자 기여율, 실시 매출 같은 산정근거는 문서로 남겨 둡니다. 지급할 때는 근로소득으로 원천징수합니다.

계산 사례: 1억 2천만원을 6명에게 균등하게 나누면 1인당 2,000만원입니다. 직무발명보상금으로 인정되면 1인당 700만원은 비과세이고, 나머지 1,300만원은 그해 급여에 합산되어 근로소득세가 원천징수되고 연말정산됩니다. 회사는 산정근거가 갖춰져 있다면 1억 2천만원 전액을 올해 손금으로 처리하는 구조입니다.
흔한 오해가 하나 있습니다. 특허 9건을 한 해에 일괄 지급하면 비과세 한도가 특허 건수마다 적용된다고 생각하기 쉽습니다. 그러나 비과세 한도는 1인당 연간 합계 기준입니다. 한 사람이 여러 건의 보상금을 같은 해에 받아도 700만원까지만 비과세됩니다.

주의: 실무에서 가장 흔한 실수는 보상규정 없이 그해 이익에 맞춰 금액을 정하고 균등하게 나눠 주는 것입니다. 이렇게 하면 보상금이 아닌 상여로 판단되어 비과세가 부인되거나, 임원 몫이 손금불산입될 수 있습니다. 연구원 중 임원이나 주주가 있는 경우, 특허별 시효 완성 여부가 애매한 경우, 연구 및 인력개발비 세액공제 대상인지 검토가 필요한 경우에는 지급 전에 세무사와 상담하시기 바랍니다. 지급 구조와 증빙을 미리 점검해 두시는 것이 안전합니다.

직무발명보상금 소멸시효 손금 2026, 1억 2천만원 일괄 지급

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