법인으로 보는 단체가 보유하던 농지의 양도에 대한 법인세납세의무

[ 회 신 ]

가 있으므로 우리센터의 기 질의회신문인 서이46012-10327(2002.02.26.)호를 붙임과 같이 보내드리니 이를 참고하시기 바라며

질의 4)의 경우, (이하 생략)

1. 질의내용 요약

법인으로 보는 단체에 해당하는 ○○교회가 보유하던 농지(2001년 8월에 신도로부터 헌납받아 취득)상에 교회를 신축하기 위하여 ○○시에 개발부담금 및 농지대체조성비를 납부하고 농지개발허가를 2002년 5월에 받았으나, 교회를 건축하지 아니한 상태에서 그 농지를 양도하고 (2003년도 중에 양도)그 대가로 받은 양도대금으로 다른 교회건축물을 양수하는 경우 그 농지의 양도에 대한 법인세납세의무는 어떻게 되는지 ?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제1조

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28 신설)

1. (생략)

2. “비영리내국법인” 이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

가. 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 법인 (1998. 12. 28 신설)

나. 사립학교법 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주ㆍ사원 또는 출자자에게 이익을 배당할 수 있는 법인을 제외한다)

다. 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (1998. 12. 28 신설)

○ 법인세법 제3조

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업” 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

1. ~ 4. (생략)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28 개정)

6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28 개정)

③ (생략)

○ 법인세법 제62조 의 2

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득” 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설)

1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001. 12. 31 신설)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액” 이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익” 이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2001. 12. 31 신설)

④ 소득세법 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2001. 12. 31 신설)

⑤ 소득세법 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2001. 12. 31 신설)

⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31 신설)

⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 동법 제112조의2의 규정은 이를 준용한다. (2001. 12. 31 신설)

⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2001. 12. 31 신설)

⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31 신설)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 서이46012-10327(2002.02.26)

조세특례제한법 제82조 (사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제)와 법인세법 제52조 의 2(토지 등 양도소득에 과세특례)와 관련하여 종교법인 등이 특정지역의 토지 등을 양도하는 경우 양도소득세를 법인세로 추가하여 납부하는지?

비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대하여 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 법인세를 신고하는 것이고, 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 법 제62조의 2의 규정에 의하여 신고하는 것임

○ 서이46012-10352(2002.02.28.)

비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교법인이 소유하고 있는 부동산을 2002년 1월 1일 이후에 양도하는 경우 법인세와 특별부가세의 납세의무에 대하여 질의함.

질의 1) 당해 법인이 고유목적사업에 사용하지 아니하던 부동산을 양도할 경우 법인세만 납부하면 되는지? 그 납부세액의 계산방법은 ?

질의 2) 개정된 법인세법 제55조 의 2의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정은 구체적으로 어느 경우에 적용되는지?

질의 3)의 경우 법인세가 면제되는 3년이상 종교목적사업에 사용한 부동산을 양도하는 경우에도 법인세를 신고하여야 하는지 ?

질의 4)의 경우 당해 법인이 종교목적에 사용하지 아니하던 부동산을 국가 등이 시행하는 공공사업에 필요하여 공공용지취득 및 손실보상에 관한 법률에 의하여 양도하는 경우 법인세 감면을 받을 수 있는지?

질의 5)의 경우 3년이상 교인묘지로 사용하던 부동산을 양도할 경우 법인세가 면제되는지? (분묘지사업은 정관상 목적사업에 해당)

질의 1)의 경우, 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 소득에 대한 법인세와 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것이며

질의 2)의 경우, 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법세는 같은조 제1항의 규정에 의하여 “대통령령이 정하여 지역”에 소재하는 토지 등의 양도에 대하여 적용되는 것이며

질의 3)의 경우, 법인세가 면제되는 3년이상 고유목적사업에 사용하던 부동산의 양도에 대한법인세의 납세의무는 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 납세의무가 있으므로 우리센터의 기 질의회신문인 서이46012-10327(2002.02.26.)호를 붙임과 같이 보내드리니 이를 참고하시기 바라며

질의 4)의 경우, (이하 생략)

법인세법 제1조 · 법인세법 제3조