비영리법인의 부동산 양도시 법인세 과세 여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- (재)대한예수교장로회 총회 유지재단은 1982년 6월에 문화공보부장관이 허가한 종교재단이며, 산하 대한예수교장로회 ○○여자신학교는 신학생의 교육 및 예배 목적으로 1988년 6월에 관할 구청에 등록하여 설립됨.

- 동 신학교는 시영아파트를 1998년 11월에 구입하여 3년 이상 신입생 기숙사용으로 직접 사용하던 중 양도하고, 신학교의 개보수를 위한 경상운영비로 사용

○ 질의내용

신학교가 고유목적사업에 3년 이상 사용하던 기숙사용 부동산(아파트)을 양도할 경우 법인세 과세 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제3조

① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)

2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

○ 법인세법 시행령 제2조

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-991, 2006.05.30

「과학기술분야정부출연연구기관등의 설립ㆍ운영및육성에관한법률」에 의하여 설립된 한국전기연구원이 아파트를 취득하여 종업원의 거주용도로 사용하던 중 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구원의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 에 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니함.

○ 서면2팀-1665, 2005.10.18

수익사업을 영위하지 않는 비영리법인(법인으로 보는 단체 포함)인 교회가 종교단체의 고유목적으로 사용하는 교회용 토지와 건물의 양도일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 수입이 생기는 경우에는 법인세가 과세되지 아니하는 것인바,

귀 질의의 경우 이에 해당되는지 여부는 이용현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임.

○ 법인46012-10368, 2003.12.19

△△법에 의하여 설립된 비영리법인인 ○○○연구소가 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하는 종업원의 주거용도로 3년 이상 계속하여 사용하던 아파트를 양도하는 경우, 당해 아파트는 동 연구소의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산에 해당되므로 이의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니함.

법인세법시행령 제2조 · 법인세법 제3조