교회소유 부동산 양도소득의 법인세 과세대상 해당 여부 등

1. 질의내용

○ (질의1) 법인으로 보는 단체 승인을 받은 교회 소유 쟁점부동산 양도차 익이 법인세 과세대상인지 여부

○ (질의2) 양도차익이 법인세 과세대상에 해당할 경우 소득금액의 50%까지 결산조정으로 고유목적사업준비금을 손금으로 계상할 수 있는지 여부

○ (질의3) 쟁점부동산의 취득가액을 교회가 출연받을 당시 소유권이전등기 접 수일의 공동주택가격으로 할 수 있는지 여부

2. 사실관계

○ 질의법인은 법인으로 보는 단체 승 인을 받 은 비영리 내국법인으로 상속세 및 증여세법 시행령 제12 조제1호의 규정에 의한 공 익법인에 해당하며

- 질의법인은 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 소 재 아파트 (이하 “쟁점 부동산”)를 2006.12.8. 출연(무상증여)받아 2009.11.23.부터 담임목사가 계 속 거주하였음

○ 질의법인은 2016.11.28. 양도가액 225백만원(잔금수령일 2017.1.19)에 쟁 점 부동산을 양도하는 매매계약을 체결하였으며, 담임목사는 잔금수령 일 1개월 전인 2016.12.20. 주민등록 주소지를 이전하고 이사하였음

3. 관련법령

[질의1 관련]

○ 법인세 법 제3조

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업․소매업, 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. ｢소득세법｣ 제16조 제1항 에 따른 이자소득

3. ｢소득세법｣ 제17조 제1항 에 따른 배당소득

4. 주식․신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령 령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. ｢소득세법｣ 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제2조

② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 해당 고정 자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지․관리 등을 위한 관람료 ․입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

[질의2 관련]

○ 법인세법 제29조

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액(제4호에 따른 수익사업에서 결손금 이 발생한 경우에는 제1호부터 제3호까지의 소득금액을 합한 금액 에서 그 결손금을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. <개정 2011.12.31, 2015.12.15>

1. ｢소득세법｣ 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

2. ｢소득세법｣ 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, ｢ 상속세 및 증여세법｣ 제16조 또는 같은 법 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식 등으로부터 발생한 배당소득금액은 제외한다.

3. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

4. 제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(｢공익법인의 설립․운영에 관한 법률｣에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

○ 법인세법 시행령 제36조

(2009.2.4.대통 령령 제21302호로 개정된 것)

① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부 금 "이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정 기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고 유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간 (이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한 다.

가.〜라. (생략)

마. 종교의 보급, 그 밖에 교화를 목적으로 「민법」 제32조 에 따라 문화체육관광부장관 또는 지방자치단체의 장의 허가를 받아 설 립한 비영리법인(그 소속 단체를 포함한다)

○ 법인세법 시행령 제36조

(2009.2.4.대통 령령 제21302호로 개정되기 전의 것)

① 법 제24조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기부 금 "이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 각 목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 "지정 기부금단체등"이라 한다)에 대하여 해당 지정기부금단체등의 고 유목적사업비로 지출하는 기부금. 다만, 사목에 따라 지정된 법인에 지출하는 기부금은 지정일이 속하는 연도의 1월 1일부터 6년간 (이하 이 조에서 "지정기간"이라 한다) 지출하는 기부금에 한정한 다.

가.〜라. (생략)

마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체

○ 법인세법 시행령 제56조

① 법 제29조제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 단체"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 단체를 말한다.

1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체

2.〜4. (생략)

[질의3 관련]

○ 법인세법 제41조

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산 의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다)은 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으 로 취득한 자산은 제작원가(製作原價)에 부대비용을 더한 금액

3. 제1호와 제2호 외의 자산은 취득 당시의 대통령령으로 정하는 금 액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제72조

(2011.3.31.대통 령령제22812호로 개정된 것)

① 법 제41조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금융자산"이란 기 업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 "단기금융자산등"이라 한다)을 말한다.

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호 의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득 한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산: 법 제44조제2항ㆍ제3항, 제46조제2항, 제47조제1항 또는 제47조의2제1항에 따라 양도손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손 금에 산입한 경우에는 피합병법인등 또는 출자법인의 장부가액으로 하고, 그 밖의 경우에는 해당 자산의 시가로 한다.

4. 현물출자, 물적분할에 따라 취득한 주식등: 법 제47조제1항 또는 제47조의2제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입 한 경우에는 출자법인이 현물출자한 자산의 장부가액으로 하고, 그 밖의 경우에는 해당 주식등의 시가로 한다 또는 분할법인이 양도 한 자산의 장부가액으로 하고, 그 밖의 경우에는 해당 주식등의 시가로 한다.

4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등: 취득 당시의 시가. 다 만, 제15조제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 더한 금액에서 법 제16조제1항제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

5의2. 단기금융자산등: 매입가액

5의3. 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 에 따른 공익법인 등이 기부받은 자산: 제87조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수 관 계자 외의 자로부터 기부받은 법 제24조제1항에 따른 지정기부 금에 해당하는 자산(제37조제1항에 따른 금전 외의 자산만 해당한다)은 기부한 자의 기부 당시 장부가액[사업소득과 관련이 없는 자산 (개 인인 경우만 해당한다)의 경우에는 취득 당시의 「소득세법 시 행령」 제89조에 따른 취득가액을 말한다]. 다만, 「상속세 및 증 여세법」에 따라 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 출연재산 이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 출연재산에 대하여 증여세의 전액이 부과되는 경우에는 기부 당시의 시가로 한다.

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

○ 법인세법 시행령 부칙 <재22812호, 2011.3.31>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제36조의2제2항부터 제12항까지의 개정규정은 2011년 7월 1일부터 시행한다

제5조(기부금의 가액 등에 관한 적용례) 제37조제1항 단서 및 제72조제2항제5호 의3의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 제공하거나 기부받는 자산부터 적용한 다.

○ 법인세법 시행령 제72조

(2011.3.31.대통 령령 제22812호로 개정되기 전의 것)

① 법 제41조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 금융자산"이란 기 업회계기준에 따라 단기매매항목으로 분류된 금융자산 및 파생상품(이하 이 조에서 "단기금융자산등"이라 한다)을 말한다

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

3. 합병ㆍ분할 또는 현물출자에 따라 취득한 자산: 법 제44조제2항ㆍ 제3항, 제46조제2항, 제47조제1항 또는 제47조의2제1항에 따라 양도 손익이 없는 것으로 하거나 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산 입한 경우에는 피합병법인등 또는 피출자법인의 장부가액으로 하 고, 그 밖의 경우에는 해당 자산의 시가로 한다.

4. 현물출자, 물적분할에 따라 취득한 주식등: 법 제47조제1항 또는 제47조의2제1항에 따라 양도차익에 상당하는 금액을 손금에 산입한 경우에는 출자법인이 현물출자한 자산의 장부가액으로 하고, 그 밖 의 경우에는 해당 주식등의 시가로 한다 또는 분할법인이 양도한 자산 의 장부가액으로 하고, 그 밖의 경우에는 해당 주식등의 시가로 한다.

4의2. 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등: 취득 당시의 시가. 다 만, 제15조제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다.

5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전 의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제9 호 의 금액을 더한 금액에서 법 제16조제1항제5호에 따른 합병대가 또는 같은 항 제6호에 따른 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액을 뺀 금액

5의2. 단기금융자산등: 매입가액

6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가

○ 법인세법 시행령 제89조

① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세 가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.

2. ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조 ․제39조․제39조의2․제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 ｢조세특례제한법｣ 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 다목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함 에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권 상장 법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한 국거래소 최종시세가액으로 하며, ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제 2항 제1호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항․제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다.

상속세 및 증여세법 시행령 제12조 · 법인세법 제29조 · 법인세법 제41조 · 법인세법시행령 제2조 · 법인세법시행령 제36조 · 법인세법시행령 제56조 · 법인세법시행령 제72조 · 법인세법시행령 제89조 · 소득세법시행령 제89조 · 법인세법 제3조