부가가치세의 면제를 받아 수입한 농산물을 원재료로 가공하여 공급하는 경우

1. 질의내용 요약

당사는 부가세 과세대상인 동물용 배합사료 제조업체로서 배합사료 원료로 루핀시드(Lupine seeds)라는 농산물을 수입하고 있습니다 원료를 수입하면서 세관 발행 수입계산서를 발행받고, 매입금액에 대하여 의제매입세액 공제를 받지 않고 있습니다.

부가가치세법 제17조 제3항 에 의거 사업자가 면제품인 농산물 축산물 수산물등을 공급받아 원재료로 하여 제조,가공한 재화가 과세되는 경우 의제매입세액공제를 받을 수 있겠지만, 부가가치세법 제12조 제1항 과 부가가치세법 시행규칙 제10조 제1항 및 제2항에 의거 미가공식품의 범위를 별표1의 미가공식품 분류표에 의했을 때 “루핀시드”가 분류표상 관세율표 1209호에 해당이 되지만 채소종자에 한한다는 규정으로 미루어, 배합사료의 원료로 사용되는 루핀시드는 의제매입공제대상이 아닌 것으로 판단하고 당사는 의제매입세액 공제를 받지 않았습니다.

그러나 일부에서는 루핀시드의 원료를 수입면세품목으로 보고 수입면세 농산물에 대한 의제매입세액공제를 받아야 한다는 주장이 있기에, 사료원료용 수입 루핀시드의 의제매입공제대상 여부를 질의 합니다.

* 첨부 : 부가가치세법 별표 1, 관세율표

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제17조 제3항 【】

부가가치세법 제17조