비영리법인의 토지 등 양도에 대한 법인세 납세의무

1. 질의내용 요약

법인으로 보는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 경우 ‘고정자산 처분일 현재 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것’인지를 판단함에 있어 고유목적사업에 사용한 시점을 법인으로 보는 단체 승인통지서 수령일자 기준인지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령

○ 법인세법 제1조

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998.12.28. 개정)

2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다.

다. 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법 제3조

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998.12.28. 개정)

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998.12.28. 개정)

○ 법인세법 시행령 제2조

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

나. 관련예규

○ 서이46012-11645, 2003. 9.16.

국세기본법 제13조 제2항 에 의하여 법인으로 승인받은 법인격 없는 단체(수익사업을 영위하지 아니함)가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은 법인세법 제3조 제2항 및 같은법시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것임.

○ 서면2팀-2120, 2005.12.20.

국세기본법 제13조 제2항 에 의하여 법인으로 승인 받은 법인격 없는 단체(수익사업을 제외)가 법인으로 승인 받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우, 당해 소득은 법인세법 제3조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조 규정에 따라 수익사업에서 생기는 소득에서 제외되는 것인 바(서이46012-1164 5, 2003. 9.16. 같은 뜻),

‘고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용’ 하였는지 여부를 판단함에 있어 법인격 없는 단체가 법인으로 승인 받기 전에 취득한 부동산을 처분하는 경우 법인으로 보는 단체로 승인 받기 전부터 사실상 고유목적사업에 직접 사용한 때에는 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하는 것임.

○ 법인46012-1759, 1997. 6.28.

국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의하여 법인으로 승인 받은 법인격 없는 단체가 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속 고유목적사업에 직접 사용한 부동산을 양도하는 경우에 당해소득은 법인세법 제1조 에서 규정하는 수익사업에서 생긴 소득에서 제외되므로 각 사업연도소득에 대한 법인세는 과세되지 아니하는 것이나, 법인세법 제59조 의 2의 토지 등의 양도차익에 대한 특별부가세는 납부하여야 하는 것이며, 이 경우 당해부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지의 여부는 실질적인 운영 실태에 의하여 사실 판단할 사항임.

법인세법시행령 제2조 · 국세기본법 제13조 · 법인세법 제59조의2 · 법인세법 제1조 · 법인세법 제3조