비영리법인의 과세소득 해당 여부

1. 질의내용 요약

사단법인 서울특별시직원상조회로 정관에 따라 고유목적사업과 수익사업을 영위함. 강남구 ○○동 ○○-○○ 대지 19.6㎡를 2003.3.18 처분한 데 대한 토지 양도차익에 대하여 법인세 과세소득 해당 여부에 대하여 양설이 있어 질의함

갑설> 정관규정상 기본재산에 속하는 토지로서 임대 등 수입이 없으며 처분전 3년이상 기금회계자산으로서 고유목적에 사용한 것으로 보기 때문에 과세소득의 범위에 해당하지 않는 것임

을설> 정관규정의 기금회계자산이기는 하나 처분전 3년간 고유목적에 직접사 용한 여부가 불분명하여 과세소득의 범위에 해당하는 것임

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령( 법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 제2조

① 법인세법(이하 󰡒법󰡓이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 󰡒한국표준산업분류󰡓라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. (1998. 12. 31 개정)

② 법 제3조 제2항 제5호에서 󰡒대통령령이 정하는 것󰡓이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지관리 등을 위한 관람료입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-354,2003.05.28

[질의]

기독교대한○○회 유지재단이 1961년 9월 취득한 임야를 1976년 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 재단과 이중등기 → 국방부 등기는 1994년 3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유사용 중(본 재단에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구)

당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001년 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 (2001. 12. 19 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 여부

〈갑설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음

〈을설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄

[회신]

비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항 의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고,

종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 󰡒사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제󰡓 규정을 적용받을 수 없는 것임

조세특례제한법 제82조 · 법인세법 제3조