의료기기 제조 법인 경리 담당자입니다. 지분 40%를 가진 대표이사와 지분이 없는 연구소장(등기이사)이 공동 발명자로 특허를 등록해 이번 달 각각 1,000만 원씩 직무발명보상금을 지급하려 합니다. 대표이사도 직무발명보상금 700만 원 비과세를 적용해 원천징수해도 되는지, 아니면 지배주주라 전액 근로소득으로 과세해야 하는지 알려주세요.

Question

Accepted Answer

대표이사 직무발명보상금 비과세는 직책이 아니라 보상금을 받는 사람이 지급 법인의 지배주주등에 해당하는지에 따라 적용 여부가 갈립니다. 질문 사례에서 지분 40%인 대표이사가 특수관계인 지분을 합쳐 주주 중 가장 많은 지분을 가진 위치라면 1,000만 원 전액을 근로소득으로 원천징수해야 합니다. 지분이 없는 연구소장은 대표이사의 친족 등 특수관계인이 아닌 한 700만 원까지 비과세를 적용할 수 있습니다.

1. 비과세의 기본 구조입니다. 발명진흥법상 직무발명으로 종업원등이 회사에서 받는 보상금은 2026년 기준 연 700만 원까지 소득세가 비과세됩니다. 종업원등에는 법인의 임원도 포함되므로 등기이사라는 이유만으로 비과세가 배제되지는 않습니다. 재직 중에 받으면 근로소득, 퇴직 후에 받으면 기타소득으로 구분합니다.
2. 비과세에서 제외되는 사람이 있습니다. 2024년 이후 발생한 소득부터는 지급 법인의 지배주주등, 그리고 그 지배주주등과 친족관계 등 특수관계에 있는 사람이 받는 보상금은 비과세 대상에서 빠집니다. 지배주주등이란 지분을 1% 이상 가진 주주로서 본인과 특수관계인의 지분을 합친 비율이 주주 중 가장 많은 사람을 말합니다.
3. 대표이사는 주주명부로 판단합니다. 지분 40%라는 숫자만으로 자동 확정되지는 않으며, 대표이사와 그 특수관계인의 지분 합계가 다른 주주 집단보다 많은지를 확인해야 합니다. 통상 40%를 가진 대표이사는 지배주주등에 해당하고, 이 경우 보상금 전액이 과세 대상 근로소득입니다. 반대로 나머지 60%를 다른 한 주주 집단이 보유하고 있다면 결론이 달라질 수 있습니다.
4. 연구소장은 본인 지분이 없으므로 지배주주등이 아닙니다. 다만 지배주주등인 대표이사의 배우자나 친족 등 특수관계인이면 똑같이 비과세가 배제되므로 이 부분을 확인해야 합니다. 해당 사항이 없으면 700만 원까지 비과세하고 초과분만 과세합니다. 한도는 연간 합계 기준이라 같은 해에 이미 지급한 보상금이 있으면 합산합니다.
5. 서류와 원천징수 처리입니다. 직무발명보상규정, 특허받을 권리를 회사가 승계한 사실, 발명신고서나 연구노트처럼 발명자의 기여를 보여 주는 자료를 갖춰 두어야 합니다. 과세분은 지급하는 달의 급여에 상여로 합산해 원천징수하고, 비과세분은 지급명세서에 비과세 항목으로 기재합니다.

계산 사례: 대표이사가 지배주주등에 해당하고 연구소장은 대표이사와 친족관계가 없다고 가정해 보겠습니다. 대표이사는 1,000만 원 전액이 과세 대상 근로소득이므로 비과세 금액은 0원이고, 이번 달 급여와 합산해 상여 지급 시의 원천징수 방식으로 세액을 계산합니다. 연구소장은 1,000만 원 중 700만 원이 비과세이고 나머지 300만 원만 근로소득으로 과세합니다. 만약 연구소장이 올해 다른 특허로 이미 200만 원의 보상금을 비과세로 받았다면 남은 한도는 500만 원이므로, 이번 지급분은 500만 원이 비과세, 500만 원이 과세입니다. 공동 발명자이고 금액이 같다는 이유로 두 사람을 똑같이 700만 원 비과세로 처리하는 것이 실무에서 가장 흔한 실수입니다.

주의: 대표이사 본인의 지분율만 보고 판단하면서 배우자, 자녀 등 특수관계인 지분을 합산하지 않거나, 연구소장이 대표이사의 친족인지 확인하지 않고 비과세를 적용하는 실수가 자주 발생합니다. 잘못 적용하면 회사가 원천징수 누락분과 가산세를 부담하게 됩니다. 주주 구성이 복잡해 지배주주등 판단이 어려운 경우, 대표이사의 실제 발명 기여도를 입증할 자료가 부족한 경우, 보상금을 법인의 비용 처리나 연구개발 세액공제에 반영하려는 경우에는 지급 전에 세무 전문가(세무사)와 상담해 처리 방향을 확정하시기를 권합니다.

대표이사 직무발명보상금 비과세 2026, 지분 40% 지배주주

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