사업 일부를 승계한 경우 연구·인력개발비 산정방법

○ 질의법인 은 1987.1.14. 설립되어 시스템 통합 및 유지보수, IT 아 웃소싱, 소프트웨어의 설계 및 개발, 정보처리 용역의 제공 등을 주된 사업으로 영위하고 있으며

- 2013.1.1. 경영효율성 증대 및 경쟁력 제고를 목적으로 100% 종 속기업인 분할법인 의 금융자동화사업부문을 분할합 병함

* 분할법인은 분할 전 금융자동화부문과 IT인프라부문의 사업을 영위함

○ 질의법인은 2013 사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」 제10조 제1항 제3호 가목 (이하 ‘증분기준’) 에 따라 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적용하였으며

- 이때 직전 3개연도 발생액은 질의법인 자체 발생분과 승계사업 (금융자동화부문) 에서 발생된 연구․인력개발비를 단순 합산하여 산정함

○ 한편, 질의법인은 2013 사업연도 증분기준에 따른 연구․인력 개발비 세액공제 산정 시 직전 3개연도 연구․인력 개발비를 질의법인 자 체 발생분과

- 분할법인의 총발생액에서 승계사업부문 (‘금융자동화부문’) 이 차지하는 비율 (‘매출비율과 자산비율 중 큰 비율’) 을 곱한 금액을 합산하여 산정한 후 연구․인력 개발비 세액공제액을 재산정하여 경정을 청구함

2. 질의내용

○ 분할법인으로부터 사업 일부를 분할합병한 경우 승계사업에서 발생한 연구․인력개발비의 구분가능 여부와 무관하게 승계사업의 매출액 및 자산가액 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 분할합병의 상대방 법인에서 발생한 연구․인력개발비로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제10조

(2013.01.01. 법률 제11614호로 개정된 것)

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2018년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

1. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대 해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

2. 연구ㆍ인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ 인 력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니하거나 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소 급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액보다 적은 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금 액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액 1) 중소기업인 경우: 100분의 25 2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소 기 업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율 가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15 나) 가)의 기간 이 후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10 3) 대통령 령으로 정하는 중견기업이 2)에 해당하지 아니하는 경우: 100분의 8 4) 1)부터 3)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 3을 한도로 한다) 100분의 2 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 부칙 제36조(연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공 제에 대한 특례) <제11614호, 2013.1.1>

제10조제1항제3호가목의 개정규정 중 “직전 과세연도에 발생한 일 반연구ㆍ인력개발비를"은 2013년 1월 1일부터 2013년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 “해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액을"로, 2014년 1월 1일부터 2014년 12월 31일까지 개시하는 과세연도까지는 “ 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 일반연구ㆍ인 력개발비의 연평균 발생액을"로 본다.

○ 조세특례제한법 제10조

(2013.01.01. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

(중략)

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구ㆍ인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구ㆍ 인 력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어 느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구ㆍ인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연 평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중 소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액

○ 조세특례제한법시행령 제9조

(2013.2.15 대통령령 제24368호로 개정된 것)

⑤ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15>

해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인 력 개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12

⑥ 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발 생한 일반연구・인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분 할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획 재 정 부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합 병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자 (이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구・인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만 , 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구・인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구 ・인력개발비로 본다 . <개정 2010.12.30, 2013.2.15>

* 2013.2.15. 대통령령 개정으로 항 번호 변경(④ → ⑤, ⑤ → ⑥)

○ 조세특례제한법시행령 제9조

(2015.2.3 대통령령 제26070호로 개정된 것)

⑥ 제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발 생한 일반연구・인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분 할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정 부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등 " 이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획 재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구・인력 개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우로서 합병등을 하기 전에 피 합병법인등의 해당 승계사업에서 발생한 일반연구・인력개발비를 구 분하기 어려운 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구・인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산 가 액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피 합병법인등에서 발생한 일반연구・인력개발비로 본다. <개정 2010.12.30, 2013.2.15, 2015.2.3>

○ 조세특례제한법시행령 부칙 <제26070호,2015.2.3>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제112조의5 및 제112조의6의 개정규정은 2015년 4월 1일부터 시행하고, 제63조제6항ㆍ제14항, 제106조의9제1항 및 제121조의3제12항의 개정규정은 2015년 7월 1일부터 시행하며, 제71조 및 제80조의3의 개정규정은 2016년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정 규정은 법률 제12853호 조세특례제한법 일부개정법률 시행[2015.1.1.] 이후 개 시하는 과세연도 분부터 적용한다.

○ 국세기본법 제14조

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의 (名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거 치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

조세특례제한법 제10조 · 국세기본법 제14조 · 조세특례제한법 시행령 제9조