자체연구개발비용과 수탁연구개발비용이 동시에 발생하는 경우 세액공제 대상

1. 사실관계 및 질의요지

가. 사실관계

○ 당사는 한국산업기술진흥협회에 등록한 기업부설연구소를 보유한 중소 기업으로서 당사의 연구개발업무가 많지 않은 경우 연구원은 아래와 같이 수탁받은 연구개발용역을 수행하고 있음

- “갑”연구원은 1년 중 전체를 당회사의 연구개발업무만 수행

- “을”연구원은 1년 중 1개월을 수탁 연구개발업무 수행

- “병”연구원은 1년 중 5개월을 수탁 연구개발업무 수행

나. 질의요지

○ 위 “을”연구원, “병”연구원이 수탁 연구개발용역를 수행한 기간의 인건비를 따로 구분할 수 있는 경우

- 당사의 “을”연구원과 “병”연구원에게 지급한 전체 인건비 중 당사의 연구개발업무 수행기간에 대한 인건비만을 구분하여 연구 ･ 인력개발비 세액공제를 받을 수 있는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제10조

(2011.12.31. - 11133호 개정)

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

○ 조세특례제한법 제9조

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당 하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 (새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다)(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제8조

(2011.12.08-23356호)

① 법 제9조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

< 생 략 >

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

○ 조세특례제한법 기본통칙10-0…2

내국인이 타인으로부터 수탁받은 연구개발용역 수행을 위해 자신의 연구 개발 전담부서에서 근무하는 자의 인건비 등으로 지출하는 비용은 법 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 법인세과-268, 2010.03.23

연구개발전담부서에 근무하는 연구요원의 위탁개발관련 인건비의 연구 및 인력개발비 세액공제 적용여부에 대해서는 조세특례제한법 기본통칙10-0…2

를 참고하시기 바람

○ 법인 46012-1955, 1999.05.26

제조업 등을 영위하는 내국법인의 연구개발 전담부서에 종사하는 연구 요원의 인건비중 다른 법인으로부터 위탁받은 연구개발용역업무에 종사 하는 자의 인건비에 대하여는 조세감면규제법 제9조의 규정에 의한 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없습니다

○ 법인 46012-3180, 1998.10.29

제조업 등을 영위하는 내국법인이 조세감면규제법 제9조의 규정에 의하여 기술 및 인력 개발비 세액공제를 적용함에 있어

귀 질의의 경우와 같이 같은법 시행규칙 제7조에 규정하는 연구업무에 종사하는 자가 다른 법인의 연구업무를 겸임하는 경우 그 연구요원의 인건비중 다른 법인의 업무에 해당하는 분에 대하여는 기술 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다.

○ 법인세과-119, 2011.02.15

「조세특례제한법」 제10조

를 적용함에 있어서 연구개발 전담부서에서 자체연구개발과 수탁연구개발을 함께 수행하는 경우 같은법 제143조 제1항의 규정에 따라 연구개발비용을 각각 구분경리 하여야 하는 것입니다.

다만, 공통으로 지출된 연구개발비용을 구분경리하지 못하는 경우에는 연구개발에 투입된 시간 등 합리적인 기준에 따라 안분계산 하여야 하는 것입니다.

법인세법 제43조 · 조세특례제한법 제9조 · 조세특례제한법 시행령 제8조 · 조세특례제한법 제10조