비영리법인이 부동산양도 후 수익사업을 개시하는 경우 특별부가세 해당여부

서이46012-10827 (2001. 12. 28.)

종류: 예규
안건번호: 서이46012-10827
회신일: 2001. 12. 28.
소관: 국세청

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비영리내국법인이 사업연도 중 부동산을 양도해 양도소득과세표준 예정신고·자진납부한 뒤 같은 사업연도에 수익사업을 개시하면, 그 양도차익에 대해 각 사업연도 소득에 대한 법인세(법인세법 제60조)와 당시 특별부가세(제102조)를 신고·납부하여야 한다. ‍‌‌‌‌수익사업을 영위하지 않던 비영리법인은 제103조에 따라 과세표준 신고를 생략하고 특별부가세만 예정신고할 수 있으나, 같은 사업연도에 땅을 팔고 수익사업을 시작하면 각 사업연도 소득에 대한 법인세 납세의무가 생겨 예정신고만으로 납세의무가 종결되지 않는다. ‍‌‌‌‌‌‌‍‌‌‌‌사안은 2001년 5월 1일 부동산을 양도·예정신고한 뒤 같은 해 10월 1일 수익사업을 개시한 경우로, 이미 낸 예정신고세액은 기납부세액으로 공제한다.

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【요지】

사업연도 중에 부동산을 양도하고 양도소득과세표준 예정신고ㆍ자진납부한 후 같은 사업연도 중에 수익사업을 개시한 경우, 당해 비영리법인은 부동산의 양도차익 등에 대하여 각 사업연도소득에 대한 법인세와 특별부가세를 신고하여야 하는 것임.

【전문】

1. 질의내용 요약

《사실관계》

- 사업연도가 1년(1월 1일부터 12월 31일)이고 수익사업을 영위하지 아니하던 비영리법인이 2001년 5월 1일 소유 부동산을 양도하고 법인세법 제103조 및 같은법 제104조의 규정에 의하여 적법하게 “비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고를 하고 자진납부”를 하였음

- 2001년 10월 1일에 당해 비영리법인이 법인세법시행령 제2조제1항 에 규정된 수익사업을 개시하였음

《질의내용》

수익사업개시전에 이미 신고ㆍ납부한 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고의 효력 및 자진납부세액의 세무상 처리방법에 대하여 질의함

(갑설) 당해 법인이 신고ㆍ납부한 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고로 당해 부동산이 양도에 대한 납세의무가 종결되는 것임

(을설) 당해 법인이 신고ㆍ납부한 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고는 국세기본법 제45조 의 2에 규정에 의하여 경정청구를 하고, 이와는 별도로 부동산의 양도에 대하여 법인세법 제60조 에 의한 법인세와 같은법 제102조에 의한 특별부가세를 신고ㆍ납부하여야 함

(병설) 당해 법인이 부동산의 양도에 대하여 법인세법 제60조 에 의한 법인세와 같은법 제102조에 의한 특별부가세를 신고ㆍ납부하여야 하고, 이 경우 비영리내국법인의 양도소득과세표준 예정신고시 이미 납부한 세액은 기납부세액으로 공제함과 동시에 예정신고납부세액 공제받은 금액도 기납부세액으로 공제할 수 있음

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제102조

【신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수】

① 제99조의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 토지등의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 청산소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 기타의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다.

② 생략

③ 소득세법 제99조 의 규정은 제2항의 규정에 의한 기준시가의 계산에 관하여 이를 준용한다. (2000. 12. 29 신설)

○ 법인세법 제103조

【비영리내국법인의 부동산등 양도소득에 대한 특례】

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 “부동산등 양도소득” 이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 제102조의 규정을 준용한다. (1998. 12. 28 개정)

④ 제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법 제104조

【비영리내국법인의 양도소득과세표준의 예정신고 등】

① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2000. 12. 29 개정)

② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2000. 12. 29 개정)

○ 법인세법시행령 제145조

【비영리내국법인의 양도소득에 대한 특례】

① 법 제103조 제1항에서 “대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득” 이라 함은 토지ㆍ건물과 법 제99조 제1항 제4호 가목의 규정에 의한 자산 및 이 영 제139조 제10항의 규정에 의한 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말한다. (2000. 12. 29 개정)

② 법 제103조의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례는 제1항의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용 한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제103조의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 31 개정)

③ 비영리내국법인이 법 제104조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제102조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제 한다. (2000. 12. 29 개정)

④ 법 제104조 제1항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. (2000. 12. 29 개정)

【관련법령】

법인세법 제102조

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