법인세특별부가세를 납부하여야 하는지 여부

1. 질의내용 요약

지방문화원진흥법에 의거 조직된 문화원은 비영리 문화사업단체로서 정부로부터 지원금을 받아 운영하고 있습니다.

다름이 아니오라 76년도에 회원들의 찬조금등으로 토지를 매입하고 건물도 지어 문화사업 및 문화원사로 사용하고 있었습니다. 이젠 장소도 협소하고 건물도 노후되어 도저히 문화원사 및 문화사업장으로 사용할 수 없어 총회의 의결을 거쳐 ○○도지사의 대체재산 조성금으로 사용한다고 승인을 득한 후 매각하였습니다. 여기에 양도소득세를 납부하여야 하는지에 관해서 질의 드립니다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련법령

○ 법인세법 제103조

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 “부동산등 양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (98. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다. (98. 12. 28 개정)

③ 제2항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 제102조의 규정을 준용한다. (98. 12. 28 개정)

④ 제1항 내지 제3항에 규정하는 부동산등 양도소득에 대한 특례의 적용방법 및 과세표준 등의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (98. 12. 28 개정)

○ 법인세법 제104조

① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고 및 납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (98. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 자산양도차익예정신고를 한 비영리내국법인의 경우에는 제103조 제3항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. (98. 12. 28 개정)

○ 시행령 제145조

① 법 제103조 제1항에서 “대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득”이라 함은 토지ㆍ건물과 제139조 제9항 및 제10항의 규정에 의한 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말한다. (2000. 2. 7 개정)

② 법 제103조의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 특례는 제1항의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제103조의 규정을 적용하지 아니한다. (98. 12. 31 개정)

③ 비영리내국법인이 법 제104조의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고 및 납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 자산양도차익 예정신고 납부세액은 법 제102조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. (98. 12. 31 개정)

④ 법 제104조 제1항의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고를 하는 경우에는 재정경제부령이 정하는 자산양도차익 예정신고서를 제출하여야 한다. (98. 12. 28 개정)

○ 시행령 제146조

① 법 제103조 제2항의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 과세표준은 부동산 등의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제한 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (98. 12. 31 개정)

② 소득세법 제96조 ㆍ동법 제97조 및 동법 제100조의 규정은 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 법 제103조 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인이 법 제99조 제3항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 동호 단서의 규정을 적용한다. (98. 12. 31 개정)

③ 소득세법 제101조 및 동법 제102조의 규정은 제1항의 규정에 의한 부동산 등 양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용한다. (98. 12. 31 개정)

④ 부동산 등 양도소득에 대한 세액계산은 소득세법 제93조 의 규정을 준용한다.

법인세법 제103조