법인세 납세의무

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

의료법인『○○○○의료재단』은 2001년도에 『○○광역시립노인치매병원』을 건립․운영하기위하여 설립된 비영리법인으로서, 이사들이 출연한 출연금으로 토지를 구입하여 ○○광역시에 기부채납하고, 시와 정부에서 출연한 자금으로 건물을 신축하고 의료기기를 구입하여 2003년11월 ○○광역시장 명의로 개원하였음

또한 당해 비영리법인은 2001년부터 2003년까지 3개년도에 대하여 회계법인의 외부조정을 거쳐 결손으로 법인세 신고를 하였으며 “위․수탁 협약서”에 의하면 모든 재산권과 수익권은 지방자치단체 및 동 병원에만 귀속되도록 되어있음

○ 질의 내용

(질의 1)의 경우

병원을 실질적으로 의료재단이 운영하고 당초부터 법인세신고를 정상적으로 하였으므로 익년 3월에도 법인세 신고를 하여야 하는지 또는 수익사업개시신고를 하여야 하는지 여부

(질의 2)의 경우

수익이 지방자치단체에 귀속되므로 법인세 납세의무가 없으며 기타 협조사항(원천, 계산서 제출 등)만 이행하면 되는 것인지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제2조

① 다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. (1998. 12. 28 개정)

1. 내국법인 (1998. 12. 28 개정)

2. 국내원천소득이 있는 외국법인 (1998. 12. 28 개정)

② 내국법인 및 외국법인에게 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다. (2001. 12. 31 개정)

③ 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2001. 12. 31 개정)

④ 내국법인 및 외국법인과 소득세법에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다. (1998. 12. 28 개정)

2. 질의내용에 대한 자료

나. 관련 예규 (예규, 심사, 심판, 행정소송)

○ 법인46012-4619,1995.12.26

[질의]

의료법인이 "○○○도정신질환자요양원설치조례"에 의거 설립된 "○○○도정신질환자요양병원"을 아래와 같이 위탁운영하는 경우 동 이익금에 대한 법인세 납세의무는

- 독립회계로 별도 구분경리

- 진료비 등의 수입은 병원운영 및 시설유지관리, 시설재투자에 사용

- 병원시설물을 신설․확장하는 경우 소요비용은 수탁자가 부담하여 ○○○도에 무상 기부채납

- 이익금은 병원시설의 개․보수나 증․개축을 위한 적립금으로 유보

[회신]

비영리법인이 지방자치단체로부터 병원의 운영권과 시설물사용관리권을 위탁받아 이를 관리․운용하고 실질적으로 지방자치단체에 귀속시키는 수익은 법인세법 제1조 제4항 (현재: 제2조 제3항)의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것임

법인세법 제2조 · 법인세법 제1조