연구개발사업은 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니함

1. 사실관계

◉ 개요

○ ○○○○(이하 “신청인”이라 한다)는 ｢○○○○법｣에 따라 설립된 정부투자기관으로서 2008년 12월 국토해양부에서 2006년 5월 수립한 『건설･교통 R&D 액션 플랜』 VC-10 중 하나인 초장대교량사업의 연구시행기관으로 선정됨

○ 신청인의 초장대교량 4핵심 과제는 장대교량(인천대교 등) 기술 자립화 후 세계시장 진출을 목표로 수행 중임

- 4-1핵심과제 통합형 Test Bed 사업추진

- 4-2핵심과제 유지관리기술개발

◉ 연구개발비의 지급･관리 및 사용

○ 당해 연구개발비(정부출연금)는 (갑)은 (을)에게, (을)은 협동연구기관에게, (을) 및 협동연구기관은 공동･위탁연구개발과제에 대하여는 그 기관의 장에게 지급하도록 되어 있고,

- 참여기업의 기업부담금 확약서 및 부담금 지급확인 서류가 제출될 때까지 연구개발비(정부출연금)의 전부 또는 일부를 지급하지 아니할 수 있음

○ 당해 연구개발과제의 총사업비는 국토해양부 연구개발사업 운영규정 제31조의 규정에 따라 정부와 연구 참여기관에서 공동부담하고, 연구개발비는 총괄기관인 ○○○○에서 협약서에 정한 바에 따라 지급하고 정산함

◉ 연구개발결과의 제출･평가 및 성과물의 배분

○ 핵심주관기관은 연구개발결과를 해당 연차 연구개발기간 종료 후 일정기간 이내에 진도점검보고서 등을 제출하여야 하며, 전문기관의 장(◇◇◇◇)은 핵심주관기관이 사업단에 제출한 단계보고서 등에 대하여 단계평가 또는 최종평가를 실시함

○ 연구개발사업의 수행결과로 얻어지는 유형적 결과물은 협약으로 정하는 바에 따라 핵심주관기관(세부과제의 경우에는 협동연구기관)의 소유로 함

- 지식재산권․연구보고서의 판권 등 무형적 결과물은 협약으로 정하는 바에 따라 핵심주관기관(세부과제의 경우에는 협동연구기관)의 소유로 함. 다만, 국가안보상 필요한 경우 등은 국가소유로 할 수 있음

◉ 기술료 성과물의 배분

○ ○○○○와 사업단 및 협동연구기관은 기술실시계약을 맺는 경우 전문기관을 계약의 당사자로 참여시켜야 하며, 기술실시계약에서 정하는 바에 따라 기술료를 받아야 함

○ 기술료 징수자는 기술료를 받는 경우에는 받은 날로부터 30일 이내 전문기관 납부금액을 전문기관이 지정한 계좌로 납부하여야 하며, 국토해양부 연구개발사업 운영규정(훈령) 제49조에 의하면 기술개발사업이 성공하여 전문기관에 일정 기술료만 납부하도록 규정되어 있고, 기술료의 일부는 기술개발사업을 위한 재원 조성 등에 사용하고 있음

○ 2010년도에 신청인은 정부업무대행단체의 부가가치세 면제관련 규정인 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 개정으로 2010년 7월 1일부터 최초로 계약을 체결하여 공급하는 분부터 국가･지방자치단체 외의 자와 위･수탁계약을 맺어 수탁받은 도로관련사업이 모두 부가가치세 과세로 전환됨

2. 신청내용

○○○○ 부설 초장대교량사업단(이하 “초장대교량사업단”이라 한다)이 정부의 위임을 받은 ◇◇◇◇과 ‘건설교통기술연구개발사업 사업단 총괄협약’을 체결한 후, 초장대교량사업단이 핵심주관기관인 ○○○○ 부설 ○○○○(이하 “○○○○”이라 한다)과 협약을 체결하여 해당 ○○○○이 연구개발과제를 수행하고 그 연구개발의 결과물을 귀속시키는 경우, ○○○○이 ◇◇◇◇으로부터 수령하는 정부출연금과 참여기업 등으로부터 받은 기업부담금에 대하여 부가가치세 과세 여부

3. 관련법령

부가가치세법 제1조

부가가치세법 제1조