법인의 지점이 과세사업용 건물의 일부를 다른 지점의 의료업에 사용하도록 한 경우 부가가치세 과세대상인지 여부

1. 사실관계

○ 학교법인 ◆◆대학(이하 “신청법인”)은 부동산임대수익사업을 목적 으로 세종특별자치시 도움8로 소재지에 지하3층, 지상4층 규모의 건물을 2016년 11월 25일 준공하여 (학)◆◆대학 세종사업소라는 지점(이하 “ 지점A ”)을 설립함

○ 당초 임대수익사업을 위해 임차인을 모집하였으나, 충원되지 않아 공실로 두지 않기 위하여 별도의 임차인을 모집하는 것에서

- 학교법인 ◆◆대학의 지점사업장인 ◆◆대학교 치과대학 부속치과 병원 세종분원(이하 “ 지점B ”) 및 ◆◆대학교 세종의원(이하 “ 지점 C ”)을 신규로 개설하여 2개 층에 임대하는 것으로

- 2017.1.23. 내부 사용계획 및 2017.8.7. 건축물대장 용도를 변경 * 하였으며, 임대료에 대한 부가가치세를 징수 및 납부할 예정임

* 일반건축물대장(을) 변동사항

변동일

변동내용 및 원인

2017.8.7.

건축과-5405(2017.8.7.)[용도변경] 2층 제2종근린생활시설(일반 음식점)→제1종근린생활시설(의원) 면적 : 1976.85㎡, 3층 업무시설 (사무소)→의료시설(치과병원) 면적 : 2378.37㎡

○ ◆◆대학교 의과대학부속병원과 (학)◆◆대학 천안사업소 역시 학교법인 ◆◆대학의 지점사업장으로서 수년간 사업장별 부가가치세 납부를 위하여 임대료에 대한 부가가치세를 신고 및 납부해 왔으며

- ◆◆대학교 치과대학 죽전치과병원과 ◆◆대학교 역시 임대료에 대한 부가가치세를 신고 및 납부해 왔음

2. 질의내용

○ 법인사업자의 A지점이 부동산임대업에 사용할 목적으로 건물을 신축하면서 관련 매입세액을 공제받은 후, 해당 건물의 일부를 다른 지점(B, C)의 면세사업장(의료업)으로 사용하도록 한 경우 부가가치세 과세대상 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제10조

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입 세액이 공제된 재화

2. 제8항제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입 세액을 공제받은 재화

○ 부가가치세법 제29조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세 기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다 .

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나 그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

2. 금전 외의 대가를 받는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 폐업하는 경우: 폐업 시 남아 있는 재화의 시가

4. 제10조제1항ㆍ제2항ㆍ제4항ㆍ제5항 및 제12조제1항에 따라 재화 또는 용역을 공급한 것으로 보는 경우: 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

⑪ 제10조제1항ㆍ제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 재화의 공급으로 보는 재화가 대통령령으로 정하는 감가상각자산(이하 "감가상각자산"이라 한다)인 경우에는 제3항제3호 및 제4호에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액 으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제66조

② 과세사업에 제공한 재화가 감가상각자산에 해당하고, 해당 재화를 법 제10조제1항·제2항 및 제4항부터 제6항까지의 규정에 따라 공급한 것으로 보는 경우에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수는 법 제5조에 따른 과세기간 단위로 계산하되, 건물 또는 구축물의 경과된 과세기간의 수가 20을 초과할 때에는 20으로, 그 밖의 감가상각자산의 경과된 과세기간의 수가 4를 초과할 때에는 4로 한다.

1. 건물 또는 구축물

공급가액

=

해당 재화의

취득가액

×

(1-

5

×

경과된 과세기간의 수

)

100

③ 과세사업에 제공한 감가상각자산을 면세사업에 일부 사용하는 경우 에는 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 하되, 그 면세사업에 의한 면세공급가액이 총공급가액 중 5퍼센트 미만인 경우에는 공급가액이 없는 것으로 본다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

공급가액

=

해당

재화의

취득

가액

×

(1-

5

×

경과된

과세

기간의 수

×

면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 면세공급가액

100

면세사업에 일부 사용한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액

④ 제2항 및 제3항 각 호의 재화의 취득가액은 법 제38조에 따라 매입 세액을 공제받은 해당 재화의 가액으로 한다.

⑤ 제2항과 제3항에 따라 경과된 과세기간의 수를 계산할 때 과세기간의 개시일 후에 감가상각자산을 취득하거나 해당 재화가 공급된 것으로 보게 되는 경우에는 그 과세기간의 개시일에 해당 재화를 취득하거나 해당 재화가 공급된 것으로 본다.

부가가치세법 시행령 제66조 · 부가가치세법 제29조 · 부가가치세법 제10조