부동산임대업과 의료업을 겸영하는 공동사업자가 건물을 신축하여 의료업에 사용시 매입세액공제 여부

[관련 참고자료]

1. 사실관계

가.당사는 부동산업을 영위하는 개인사업자로서 의료업(산부인과)을 영위하는 병원을 병행하여 운영하고 있으며 기존사업자인 의료업(산부인과)의 병원사옥을 짓기 위해 별도의 부동산업 사업자등록을 내어 건설을 진행하였으며, 의료업(산부인과)과 부동산업의 지분율은 다음과 같음

구분

의료업(산부인과)

부동산업

A

50

33.33

B

25

33.33

C

25

33.33

계

100

100

나.토지 매입시 사업자등록을 진행하였고 당시 지분율은 상기와 같이 33.33%로 등기가 진행되었으나 준공등기시 현재의 지분율 50:25:25로 변경(2014.6.20)하면서 관련 지분변동에 따라 취등록세를 납부

다.신축건물은 총 8층 건물로 1~2층 상가, 3~5층 산부인과, 6~8층 산후조리원으로 구분되어 있으며 산부인과와 당사는 3명 공동명의로 동일하나 각각 지분율이 다름

라.의료업자가 병원건물 신축시 매입세액 불공제 받았으나 건물신축시 해당 의료업과 신축건물을 건설한 부동산업의 명의는 같지만 지분율이 각각 달라 준공 등기시 부동산업의 지분율을 의료업과 같은 50:25:25로 변경등기함

2. 질의내용

가.신축당시 명의는 같으나 지분율이 다른 경우이므로 별도의 사업장으로 보아 매입세액공제가 가능한 지 여부

나.준공등기시 지분율이 같으므로 면세전용으로 보아 해당 과세가액을 공급가액으로 보아 부가가치세 신고시 반영해야 하는 지 여부

3. 관련된 법령 및 기존 해석사례

○ 부가가치세법 제10조

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

2. 제8항제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 서면3팀-505 , 2005.04.14

부부 공동사업자가 과세되는 부동산 임대업과 면세하는 학원사업을 직접 영위하기 위하여 상가건물을 신축하는 경우 과세되는 임대사업과 관련된 매입세액은 자기의 매출세액에서 공제되는 것이나, 면세하는 학원사업과 관련되는 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 규정에 따라 자기의 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임.

부가가치세법 제39조 · 부가가치세법 제17조 · 부가가치세법 제10조