과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 건물을 양도하는 경우 부가가치세 과세표준은 안분하는 것임

〔검토조서〕

1. 사실관계

- ○○개발연구원(이하 “연구원”)은 비영리법인 학술연구단체로서 정관에 규정된 고유목적사업인 학술연구용역(면세사업)을 주된 사업으로 하고 있으며, 연구원 청사의 일부를 외부업체인 인쇄소에 임대하는 과세사업도 하고 있음

- 한편 당해 연구원은「국가균형발전 특별법」과「공공기관 지방이전에 따른 혁신 도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따라 2012년까지 행정중심복합도시로 이전 하게 되었으며, 그 이전비용은 교유목적사업과 과세사업에 사용하는 연구원 청사와 고유목적에만 사용하고 있는 사택(국민주택규모 초과하는 주택이며, 연구원 고유목적사업을 수행하는 박사들이 주거용으로 사용함)을 매각하여 마련할 계획임

2. 쟁점

과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하는 건물과 면세사업과 관련한 사택으로 사용한 국민주택 규모를 초과하는 주택을 매각하는 경우 부가가치세 과세 여부 등

부가가치세법 제6조 · 부가가치세법 시행령 제48조의2