법인으로 보는 단체가 부동산 처분시 법인세 과세대상 여부

1. 사실관계

○ 질의법인은 「국세기본법」 제13조 제2항 에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체임

- 수익사업을 영위하지 않고 있으며, 2009년 취득 이후 계속하여 질의법인의 사무실로 사용하고 있는 부동산을 매각하고자 함

2. 질의내용

○ 법인으로 보는 단체가 취득시부터 계속하여 고유목적사업(수익사업제외)에 직접 사용하고 있는 부동산을 양도하는 경우 법인세 과세대상인지

3. 관련법령

○ 국세기본법 제13조

① 법인( 「법인세법」 제2조제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. <개정 2010.12.27.>

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것

3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

○ 법인세법 제2조

2. "비영리내국법인"이란 내국법인 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

가. 「민법」 제32조 에 따라 설립된 법인

나.「사립학교법」이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 「민법」 제32조 에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다)

다. 「국세기본법」 제13조제4항 에 따른 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)

○ 법인세법 제4조

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 법인세법 시행령 제3조

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일( 「국가균형발전 특별법」 제18조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. <개정 2018.2.13., 2019.2.12>

4. 관련예규 등

○ 서면-2018-법인-0288 [법인세과-596], 2018.03.15.

「국세기본법」제13조제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 양도로 발생하는 수입은 「법인세법 시행령」제2조제2항에 따라 수익사업에 해당하지 않는 것으로

귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 해당 부동산의 사용용도ㆍ기간ㆍ면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항임

○ 사전-2015-법령해석법인-0035, 2015.05.07.

「국세기본법」제13조에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받은 종중이 법인으로 승인받기 전에 취득하여 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하던 부동산의 처분으로 발생하는 수입은「법인세법」제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항에 따라 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는 것으로,

해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 부동산의 사용용도・면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단할 사항임

○ 법인세과-893, 2011.11.09.

「국세기본법」 제13조제2항 에 의해 법인으로 보는 단체에 해당하는 교회가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 건물을 양도하는 경우 당해 건물의 양도로 인한 소득은 수익사업소득에서 제외되어 각 사업연도의 소득에 대한 법인세가 과세되지 않는 것이나,

귀 질의의 경우 담임목사 부부가 사용한 사택이 교회의 고유목적사업에 직접 사용되었는지는 사택의 용도, 보유목적, 주거현황, 위치 등 제반사항을 종합하여 사실판단 할 사항임.

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