비영리법인의 부동산 양도에 대한 취득가액 산정

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

1980년에 취득한 종중 소유 임대사업용 부동산을 2003년 까지 종중 대표자 명의로 종합소득세 신고를 해오다가, 2004사업연도부터 법인으로 보는 단체의 승인을 받고 사업자등록 후에 부가가치세 및 법인세 신고․납부를 함.

○ 질의내용

(1) 해당 부동산 중 일부가 도로에 편입되어 매각(2006년)하는 경우에 양도차익계산시 취득시기와 취득가액

(2) 법인으로 보지 않고 종중대표 개인으로 양도소득세 신고․납부하는지

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제60조

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998.12.28 개정)

○ 법인세법 부칙 (1998.12.28 법률 제5581호) 제8조

② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은 법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. (2005.12.31. 개정)

가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 부칙 (2005.12.31 법률 제7838호) 제1조

이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법 개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의 5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의 2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면2팀-503, 2006.03.16.

비영리내국법인이 당해 토지를 양도하는 경우 1990.12.31. 이전에 취득한 토지의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것으로써, 이때 공시지가는 평가기준일 현재 고시된 가액에 의하는 것임.

○ 서면2팀-720, 2006.05.02.

수익사업을 영위하는 비영리법인이 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 구 법인세법 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 토지 및 건물을 2005사업연도에 양도한 경우 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 상속세 및 증여세법 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것이나, 취득가액이 불분명하여 확인할 수 없는 경우에 해당하는지 여부는 소관세무서장이 사실조사한 후 판단할 사항임.

법인세법 제60조 · 법인세법 제3조 · 상속세및증여세법 제60조