연구 및 인력개발비 명세서 미제출시 이월공제 적용여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 2000년 사업연도에 법인세 산출세액이 있었으나 최저한세 적용으로 1998년으로부터 이월된 세액공제중 일부를 공제받고, 2000년에 발생한 연구 및 인력개발비에 대해서는 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 에 의한 연구및인력개발비명세서를 미제출함.

○ 질의요지

법인세 과세표준 신고시 연구및인력개발비명세서를 미제출한 경우 이월공제 적용여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제10조

① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2006. 12. 30. 개정) (이하 생략)

○ 조세특례제한법 제144조

의 구법:1999.08.31 법률 제5996호

① 제5조, 제10조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제27조의 2, 제62조 제1항ㆍ제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년( 제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년 ) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (1999. 8. 31 개정)

○ 조세특례제한법 제144조

의 구법:2003.12.30 법률 제7003호

① 제5조, 제7조의 2, 제10조 내지 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월 하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (2003. 12. 30. 개정) (이하생략)

○ 조세특례제한법 부 칙 (2003. 12. 30. 법률 제7003호)

제42조

이 법 시행당시 종전의 제144조 제1항의 규정에 의한 공제대상세액은 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다.

○ 조세특례제한법 제144조

① 제5조, 제5조의 3, 제7조의 2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 5, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다. (2005. 12. 31. 개정)

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조, 제5조의 3, 제7조의 2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의 5, 제104조의 8 및 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제한다. (2005. 12. 31. 개정)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1979, 2005.12.05

(사실관계)

가. (주)갑은 제조업을 영위하는 일반법인으로 무주택종업원에게 임대할 사원용 임대아파트(국민주택규모 이하임)을 1996년 9월에 착공하여 1998년 5월에 완공함.

나. 그러나 (주)갑은 1998사업연도 결손으로 인하여 동 투자에 따른 투자세액공제 [구조세감면규제법(1998. 4. 10. 법률 제5534호로 개정되기 전의 것) 제89조(근로자복지증진을 위한 설비투자세액공제)]에 대한 세액공제신청을 하지 않았음.

다. 결국 (주)갑은 1998사업연도분 근로자복지증진시설투자세액을 이월한 상태에서 1999년 10월 (주)을에게 사업 전체를 포괄양도 하였음.

라. (주)을은 누적된 이월결손금의 공제로 2001사업연도까지 산출세액이 없다가 2002사업연도에야 납부할 법인세액이 발생하였으나, 상기 사업승계로 이월된 1998사업 연도분 근로자복지증진시설투자세액을 이월공제하지 않았음.

(질의내용)

(1) 사업을 포괄양수한 (주)을이 양도법인인 (주)갑의 이월된 투자세액공제액을 승계하여 이월공제 받을 수 있는지 여부 ; 구조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호로 개정되기 전) 제121조

(2) (주)을이 2002사업연도 법인세신고시 공제하지 못한 상기 근로복지증진설비투자세액 이월공제액에 대하여 법정신고기한 경과 후 2년(2005.3.31.) 이내에 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의거 경정청구할 수 있는지 여부

1. 「조세특례제한법」 제94조 (2000.12.29. 개정되기 전의 것)의 ‘근로자복지증진을 위한 시설투자에 대한 세액공제’ 규정을 적용함에 있어,

양도양수계약에 의하여 사원용 임대주택을 포함한 사업용자산ㆍ부채 등을 포괄적으로 양수한 법인은 당해 양도 양수일에 동 사원용 임대주택을 취득한 것으로 보아 상기 규정을 적용받을 수 있는 것임.

2. 위 경우 당해 법인이 납부할 법인세액이 없어 취득일이 속한 사업연도분에 대하여 같은조 제3항에 의한 세액공제신청을 하지 아니한 경우로서 같은법 제144조 (2003.12.30. 개정되기 전의 것)에서 규정하는 ‘이월공제 기한’ 이내 사업연도의 법인세 신고기한까지 당초 공제받지 못한 투자세액의 공제신청서를 제출한 때에는 납세지 관할세무서장이 이를 경정하는 것이며,

당해 법인이 동 기한까지 공제신청서를 제출하지 못한 경우 에는 이월공제에 의한 투자세액 공제대상 사업연도분에 대하여 「국세기본법」 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구 에 의해 투자세액공제를 적용받을 수 있는 것임.

○ 제도46012-12533, 2001.08.03

조세특례제한법 제10조 연구·인력개발비에 대한 세액공제규정을 적용받기 위해서는 동법 제10조 제3항, 동법시행령 제6항에 의거, 과세표준신고와 함께 연구 및 인력개발비발생에 관한 명세서를 제출하여야 하나, 연구 및 인력개발비를 지출한 당해 사업연도에 납부할 세액이 없어 연구 및 인력개발비에 관한 명세서를 제출하지 아니하고, 납부세액이 발생한 연도에 지연제출한 경우에도 동법 제144조의 규정에 의하여 이월공제를 적용받을 수 있는지에 대해 질의함.

조세특례제한법 제10조 의 연구·인력개발비를 지출하였으나 각 사업연도소득에 대한 법인세는 납부할 세액이 없는 법인이 법인세법 제60조 의 규정에 의한 법인세과세표준신고시 조세특례제한법시행령 제9조 제6항 이 정하는 연구 및 인력개발비발생에 관한 명세서를 제출하지 아니하고 지연하여 제출하는 경우에도 조세특례제한법 제144조 의 규정에 의한 이월공제기간 내에는 이월공제가 가능한 것임.

국세기본법 제45조 · 조세특례제한법 제144조 · 조세특례제한법 제10조 · 법인세법 제60조 · 조세특례제한법 시행령 제9조