면세유 공급 관련 매입세액 공제 가능 여부

1. 사실관계

○ 수협중앙회는 농․어업 보호, 육성을 목적으로「수산업협동조합법」에 근거하여 설립된 특수법인으로 비영리법인임

○ 수협중앙회는「조세특례제한법」제106조의2 제1항 제1호 및「농 축산임어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면제 적용 등에 관한 특례규정 시행령」제15조 제1항 제1호에 따라 「석유 및 석유대체연료 사업법」제2조 제7호에 따른 석유정제업자로부터 부가가치세와 개별소비세, 교통에너지환경세, 교육세 및 자동차세가 면제된 어업용면세유류를 공급받아 수협법상의 조합에게 각종 세금이 면제된 어업용 면세유류를 공급하고 있음

○ 수협중앙회는 석유정제업자로부터 어업용 면세유류를 공급받고 수협법상의 조합에게 공급하는 과정에서 '갑'회사 등이 공급하는 면세유류 운반비용 및 '을'회사 등이 공급하는 면세유류 전산시스템 기상정보료 등에 대하여 부가가치세 매입세액을 부담하고 있음

2. 질의내용

○ 수협중앙회의 어업용 면세유류의 공급과 관련하여 부담한 부가 가치세 매입세액은 부가가치세법 제39조 에 해당하지 아니하여 동법 제38조에 따라 매출세액에서 공제가능한지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. <개정 2014.1.1>

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 조세특례제한법 제106조의2

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 석유류(「석유 및 석유대체연료 사업법」에 따른 석유제품을 말한다. 이하 이 조에서 "면세유"라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일까지 공급하는 것에 대한 부가가치세와 제조장 또는 보세구역에서 반출되는 것에 대한 개별소비세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세, 교육세 및 자동차 주행에 대한 자동차세(이하 이 조에서 "자동차세"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 면제한다. <개정 2011.12.31, 2015.12.15>

1. 대통령령으로 정하는 농민, 임업에 종사하는 자 및 어민(이하 이 조에서 "농어민등"이라 한다)이 농업ㆍ임업 또는 어업에 사용하기 위한 석유류로서 대통령령으로 정하는 것

2. 연안을 운항하는 여객선박 ( 「관광진흥법」 제2조 에 따른 관광사업 목적으로 사용되는 여객선박은 제외한다)에 사용할 목적으로 「한국해운조합법」에 따라 설립된 한국해운조합에 직접 공급하는 석유류

○ 기획재정부 부가가치세제과-205 , 2009.03.10

「조세특례제한법」 제106조의2제1항 에 따른 면세유의 공급과 관련하여 구입한 고정자산 및 공통경비에 대한 부가가치세 매입세액은 매출세액에서 공제받을 수 있음

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