도로안전시설에 대한 성능시험용역 등의 용역은 부가가치세 면세대상에 해당하지 아니함

1. 사실관계

◎ 개요

○ 0000(이하 “신청인”이라 한다)는 국책 및 일반연구과제, 각종 시험대행, 자문업무 등 수탁연구용역을 수행하여 수익을 창출하고 있음

○ 2010년도에 신청인은 정부업무대행단체의 부가가치세 면제관련 규정인 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 개정으로 2010년 7월 1일부터 최초로 계약을 체결하여 공급하는 분부터 국가･지방자치단체 외의 자와 위･수탁계약을 맺어 수탁받은 도로관련사업이 모두 부가가치세 과세로 전환됨

○ 이에 신청인은 민간사업자에게 성능시험용역, 품질시험･검사용역, 자문용역, 도로분야 교육용역을 제공함

◎ 유형 1 : 성능시험용역 제공

○ 국토해양부에서 제정하여 운영 중인 「도로안전시설 설치 및 관리지침」‘3편 차량방호안전시설’ P194에 ‘실물충돌시험을 통하여 성능이 검증된 제품을 사용’하도록 되어 있고, 신청인 부설 0000(이하 “0000”이라 한다)은 기업부설연구기관으로서 국토해양부장관에 의한 도로안전시설 성능시험기관지정서에 의거 실물충돌시험 등을 수행할 수 있는 연구기관임

○ 0000은 위탁자와 신청 및 협약서에 의거 성능시험을 실시하고 있으며, 이에 따라 민간사업자인 △△△(주) 등으로부터 도로안전시설 성능시험 신청 및 협약서에 의해 성능시험을 실시하고 비용을 청구하고 있음

◎ 유형 2 : 품질시험･검사용역 제공

○ ｢건설기술관리법｣ 제25조 및 같은 법 시행규칙 제46조의 규정에 따라 ‘발주자, 건설업자 또는 주택건설등록업자는 품질검사전문기관에 품질시험 및 검사의 대행을 의뢰하려는 경우 별지 서식의 ‘품질시험, 검사의뢰서’를 제출하여야 하며, 의뢰받은 자는 해당 품질시험 및 검사에 걸리는 기간을 미리 의뢰자에게 통지하고, 품질시험 및 검사가 끝났을 때에는 그 결과에 대하여 별지 서식에 따른 품질시험, 검사성적서를 작성, 통보하여야 함

○ 0000은 ｢건설기술관리법 시행규칙｣ 제28조제3항에 따른 품질검사전문기관임

○ 또한, 유형 1과는 달리 별도의 협약체결 없이 위탁자의 신청에 따라 품질시험 및 검사를 실시하고 있으며, 이에 따라 (주)○○○로부터 품질시험․검사의뢰서를 받아 알칼리골재반응 검사를 실시하고 비용을 청구하고 있음

◎ 유형 3 : 자문용역 제공

○ 0000은 우리나라에서 도로관련 다양한 지적재산권을 보유하고 있고, 신청인이 제정하는 도로설계, 연구관련 규정 등은 국토해양부 등에서 그 권위를 인정하고 있으며, 다른 하급도로에서도 신청인 도로관련 지침이 참고가 됨

○ 따라서 빈번하지는 않지만 신공법 적용여부 등 도로관련 수탁 자문업무를 수행하고 있음

○ 관련 자문업무는 ｢00법｣ 제12조제1항 각 호에 명확히 명시되어 있지는 아니하나, 유료도로의 연구 및 기술개발업무와 기업부설연구소로서 연구활동에 수반되는 행위로 보았을 때, 제14호에 해당하는 부대업무로 봄이 타당함

○ 0000은 자문의뢰에 별도의 협약서 작성 없이 민간사업자인 (주)◇◇산업으로부터 자문업무(고속도로 절토 사면 안정성 검토)를 수행하고 자문료 청구서에 의하여 비용을 청구하고 있음

◎ 유형 4 : 건설현장 참여자 도로분야 교육용역 제공

○ 신청인 부설 인재개발원(EX아카데미)은 「근로자직업능력 개발법」제28조제1항 및 같은 법 시행규칙 제12조제2항에 의한 직업능력개발훈련시설 지정(경인지방노동청 수원지청장) 및 「평생교육법」제22조제2항 및 같은 법 시행령 제46조에 따라 원격평생교육시설로 신고(경기도 화성교육청 교육장)되어 있고, 직원 외 건설현장 참여자(원도급 및 하도급업체 직원, 감독원, 현장소장, 공종별 책임자 등)를 대상으로 교육용역을 제공하고 일정한 대가를 받음

2. 신청내용

｢국토해양부 도로안전시설 설치 및 관리지침｣에 따라 0000이 민간사업자인 위탁 자의 신청 및 협약서에 따라 성능시험을 실시하여 주고 대가를 받는 경우 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제48조제1항 별표10 제11호 단서에 해당하여 부가가치세 면제대상 여부

｢건설기술관리법｣ 제25조 및 같은 법 시행규칙 제46조에 따라 0000이 별도의 협약서 없이 민간사업자인 위탁자의 신청에 의거 품질시험･검사용역을 제공하는 경우 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제48조제1항 별표10 제11호 단서에 해당하여 부가가치세 면제대상 여부

0000이 민간사업자인 위탁자로부터 고속도로 절토 사면 안정성 검토 등 자문의뢰를 받아 해당 용역을 제공하는 경우 ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제48조제1항 별표10 제11호 단서에 해당하여 부가가치세 면제대상 여부

0000 부설 인재개발원이 ｢근로자 직업능력 개발법｣ 제28조제1항 에 따라 직업능력개발훈련시설로 지정받고, ｢평생교육법｣ 제22조제2항 에 따라 원격평생교육시설로 신고되어 직원 외 건설현장 참여자(원도급 및 하도급업체 직원, 감독원, 현장소장, 공종별 책임자 등)를 대상으로 교육용역을 제공하는 경우 면세되는 교육용역 해당 여부

3. 관련법령

조세특례제한법 제106조

조세특례제한법 제106조 · 조세특례제한법 시행규칙 제48조 · 부가가치세법 제12조