매도인이 부담한 건물분 부가세를 양도가액에서 차감하는지 여부

1. 사실관계

* 매매계약내용

① 토지 100억, 건물 1억 ( 부가가치세 별도 )

② 건물분 부가가치세 는 매수인이 부담 함

○ ’19.6.24. 질의자(이하 “ 양도자 ”라 함)는 서울 성북구 소재의 토지 및 건물(이하 “ 쟁점부동산 ”이라 함)을 양도함

○ 쟁점부동산은 부가법§29⑨, 부가령§64에 따라 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물가액이 기준시가로 안분한 금액과 30%이상 차이가 나는 경우에 해당하여

- 양도일 현재 기준시가에 따라 공급가액을 안분하여 ’19.7.25. 부가세 건물매각 공급가액 937백만원(부가세93백만원 ** ) 신고 납부함

** 당초 계약에 따른 매수인 부담분 건물 부가세 10백만원과 실지거래가액을 기준시가로 안분하여 매도인이 추가로 부담한 83백만원을 합한 금액임

2. 질의내용

○ 매도 인이 추가로 부담한 건물분 부가세를 양도가액에서 차감하는지

3. 관련법령 및 관련사례

○ 소득세법 (2018.12.31. 법률 제16104호로 개정된 것, 이하 같음 ) 제96조

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당 시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

○ 소득세법 제100조

① (생 략)

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. <신설 2015.12.15.>

○ 소득세법시행령 (2019.2.12. 대통령령 제29523호로 개정된 것 ) 제166조

① (생 략)

⑥ 법 제100조제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어「상속세 및 증여세법」 제62조제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여「부가 가치세법 시행령」 제64조제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 「상속세 및 증여세법」 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다.

○ 부가가치 세법 (2018.12.31. 법률 제16101호로 개정된 것) 제29조

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급 가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다. <개정 2018.12.31>

1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우

2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우

○ 부가가치 세법 시행령 (2019.2.12. 대통령령 제29535호로 개정된 것) 제 64조

법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분 계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2015.2.3, 2016.8.31, 2019.2.12>

1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준 시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정 평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부 판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우 에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우 로서 감정평가가액이 있는 경우: 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우: 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

소득세법시행령 제166조 · 부가가치세법 시행령 제64조 · 소득세법 제100조 · 소득세법 제99조 · 소득세법 제96조 · 상속세및증여세법 제62조