약국을 운영하는 개인사업자입니다. 연매출 12억 중 조제 매출이 9억(면세), 일반의약품·건강식품 매출이 3억(과세)인데 도매상에서 약품을 한꺼번에 매입해 창고에 쌓아둡니다. 12월 말 재고를 실사하지 않고 매입액 전부를 비용으로 넣으면 종합소득세에 문제가 되나요? 재고 계산을 어떻게 해야 맞는지 알고 싶습니다.

Question

Accepted Answer

약국 종합소득세에서 사업소득 금액을 계산할 때 약품 매입액은 지출한 시점이 아니라 실제로 판매된 부분만 그 해의 비용으로 인정됩니다. 연매출 12억 규모로 도매상에서 약품을 대량 매입해 창고에 쌓아 두는 상황이라면 12월 31일 남아 있는 재고는 자산이므로, 실사 없이 매입액 전부를 비용으로 넣으면 그 해 소득이 과소 신고되어 세액 추징과 가산세 대상이 됩니다. 재고 실사표를 만들어 매출원가를 기초재고에 당기매입을 더하고 기말재고를 빼는 방식으로 계산해야 맞습니다.

1. 매출원가 계산의 기본 구조를 먼저 잡으십시오. 기초재고액에 당기 약품 매입액을 더한 다음, 기말재고액을 빼면 그 해 매출원가가 됩니다. 매입액을 전부 비용으로 넣는 것은 기말재고를 0원으로 신고하는 것과 같은 결과인데, 창고에 약품이 쌓여 있다면 사실과 다릅니다.

2. 12월 31일 기준으로 재고 실사를 하십시오. 조제실 선반, 판매대, 창고, 별도 보관 냉장고까지 보관 장소별로 품목·수량을 세고, 품목별 취득단가를 곱해 금액을 냅니다. 실사 일자와 담당자, 품목 수량이 적힌 실사표를 남겨 두는 것이 중요합니다. 세무조사 때 재고 금액을 소명하는 자료는 실사표와 매입 세금계산서, 재고관리 프로그램 기록입니다.

3. 평가 방법은 관할 세무서에 신고한 방법을 따릅니다. 원가법 중 선입선출법, 후입선출법, 총평균법, 이동평균법 등이 있고, 신고하지 않으면 선입선출법으로 평가된 것으로 봅니다. 약국은 유효기간 관리 때문에 실제 출고 순서가 먼저 들어온 것부터인 경우가 많아 선입선출법이 실물 흐름과 잘 맞습니다. 한 번 정한 방법은 계속 적용해야 하고, 바꾸려면 기한 안에 변경 신고를 해야 합니다.

4. 과세·면세 구분과 재고는 별개 문제로 다루십시오. 조제 매출은 면세, 일반의약품과 건강식품 매출은 과세로 부가가치세에서 갈리지만, 종합소득세 매출원가는 면세·과세를 합친 전체 약품 재고를 기준으로 계산합니다. 다만 부가세 매입세액 공제는 과세 매출에 대응하는 부분만 인정되므로, 공통매입세액 안분 계산 결과로 공제받지 못한 매입세액은 소득세에서 원가나 비용으로 처리합니다.

5. 유효기간이 지나 폐기한 약품은 별도로 정리하십시오. 폐기 대상 품목명, 수량, 폐기 일자, 폐기 방법을 기록하고 사진이나 폐기업체 확인서를 보관하면 재고에서 빼고 손실로 반영할 근거가 됩니다. 기록 없이 재고만 줄이면 매출 누락으로 의심받습니다.

6. 반품·리베이트·할인도 매입액에서 조정합니다. 도매상에서 받은 매입 할인이나 장려금은 매입액을 줄이거나 수익으로 잡아야 하고, 그대로 두면 원가가 과대 계상됩니다.

계산 사례: 기초재고 8,000만 원, 당기 약품 매입액 7억 원, 12월 31일 실사한 기말재고가 1억 3,000만 원인 약국을 보겠습니다. 매출원가는 8,000만 원에 7억 원을 더하고 1억 3,000만 원을 뺀 6억 5,000만 원입니다. 그런데 매입액 7억 원 전부를 비용으로 넣으면 원가가 5,000만 원 늘어나고, 그만큼 사업소득이 줄어 신고됩니다. 이 약국의 과세표준이 소득세 최고 구간 아래 중간 구간에 걸려 있다면 누락 소득 5,000만 원에 대해 본세와 지방소득세, 그리고 신고·납부 관련 가산세까지 더해진 금액을 나중에 한꺼번에 내게 됩니다. 결국 세금이 줄어드는 것이 아니라 다음 해로 미뤄지면서 가산세만 늘어나는 구조입니다. 반대로 기말재고를 실제보다 크게 잡으면 그해 세금을 더 내는 셈이므로, 어느 방향이든 실사한 숫자가 정답입니다.

주의: 재고관리 프로그램에 찍힌 수량을 그대로 기말재고로 올리면서 실물을 세지 않는 실수가 가장 흔합니다. 분할 조제로 남은 낱알, 반품 대기 물량, 유효기간 경과분이 프로그램 수량과 어긋나 있는 경우가 많아 실물 확인이 필요합니다. 폐기 손실 규모가 크거나 재고평가 방법을 처음 신고하거나 바꾸려는 경우, 공통매입세액 안분으로 공제받지 못한 매입세액의 처리 방향이 헷갈리는 경우에는 직접 판단하지 말고 세무사와 상의해 처리하시기를 권합니다.

약국 종합소득세 2026, 조제 면세 9억 재고 실사 기준

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계산 사례

주의할 점

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