한의원 한약재 판매와 건강보조식품 면세·과세 구분 기준

한의사가 진찰 후 개별 환자에게 맞춤 조제하여 투여하는 한약은 의료용역의 일부이므로 부가가치세가 면세됩니다. 반면 건강기능식품, 화장품, 건강보조기구 등을 별도로 판매하는 것은 재화의 공급에 해당하여 부가가치세 과세 대상입니다. 부가가치세법 제26조 제1항 제5호에서 의료보건 용역을 면세로 규정하고 있으며, 의료법상 의료행위에 부수되는 한약 조제는 이에 포함됩니다. 다만 이미 만들어진 환(丸)이나 팩 형태의 한약을 불특정 다수에게 판매하는 경우, 국세청은 의료용역이 아닌 재화의 판매로 보아 과세 대상으로 판단한 유권해석이 있습니다. 이 경계가 실무에서 자주 쟁점이 됩니다. 면세와 과세 매출이 함께 발생하면 겸업사업자가 됩니다. 사업자등록 시 면세 업종(의료업)과 과세 업종(소매업 등)을 함께 등록해야 하며, 부가가치세법 시행령 제61조에 따라 임차료, 전기요금 등 공통으로 사용하는 비용의 매입세액은 과세·면세 매출 비율로 안분계산하게 됩니다. 실무에서 자주 놓치는 부분이 이 안분계산입니다. 과세 매출 비중이 5% 미만이면 공통매입세액 전액 불공제되는 규정도 있어, 매출 비중 관리가 필요합니다. 또한 면세사업자는 2월에 사업장현황신고 의무가 있으므로 과세분 부가세 신고와 별도로 챙겨야 합니다. 진료 중심이라도 건강보조식품 판매를 계획하신다면 처음부터 겸업사업자로 등록하고 매출·매입 구분 체계를 갖추는 것이 중요합니다. 비트세무회계에서 무료 사전검토를 통해 업종 등록과 세금 신고 방법을 사전에 확인해보시기 바랍니다.