비영리법인이 고유목적사업의 재원으로 사용위해 차입한 자금을 수익사업에 사용시 지급이자의 손금산입여부

1. 질의내용 요약

1. 상황

① 공무원연금관리공단은 공무원의 퇴직 또는 사망과 공무로 인한 부상·질병·폐질에 대하여 적절한 급여를 지급함으로써 공무원 및 그 유족의 생활안정과 복리향상에 기여하기 위한 공무원연금사업을 효율적으로 추진하기 위하여 공무원연금법 제4조 의 규정에 의하여 설립되었음. 이에 따라 공무원연금제도는 행정자치부에서 관장하지만, 연금제도의 집행과 연금기금의 관리·운용업무는 공무원연금관리공단에서 수행하고 있음.

② 공무원연금관리공단에서는 IMF체제하의 경제위기에 따라 금융시장이 불안정하고, 교직원정년단축, 정부를 포함한 공공부문의 구조조정 등으로 공무원의 퇴직(주로 명예퇴직)이 급증함에 따라 적기에 연금급여를 지급하기 위해서 은행, 종합금융회사 등으로부터 일시 부족자금을 차입하고, 정부로부터도 재정자금의 지원을 받게 되었음.

2. 질의사항

이와 같이 연금재정 안정을 위해 차입한 차입금에 대한 지급이자가 다음과 같은 사유로 각 사업연도 법인소득 계산상 손금산입이 가능한 것으로 생각되어 질의함.

3. 손금산입 사유

가. 차입금 및 지급이자의 계리

공단의 회계는 연금비용을 징수하여 급여를 지급하는 “연금회계”와 “연금회계”잉여금과 이의 운용수익금으로 조성되는 “공무원연금기금”을 계리하는 “기금회계”로 구성되어 있음. 공단에서는 공무원연금법 제73조 , 제76조 및 회계규정 제7조에 의거 당해 차입금 및 그 지급이자를 수익사업회계인 “기금회계”에서 자산 및 비용으로 계리함.

나. 법인세법상 손금산입 주장 사유

(1) “기금회계”에서 발생하는 소득은 결국 “연금회계”를 지원하기 위해 사용되는 것으로 “연금회계”에서 흑자가 발생하여 이를 기금으로 운용할 때 “기금회계”의 제반비용으로 손금으로 인정하는 취지에 비추어 “연금회계”에 적자가 발생하여 공무원연금기금 또는 외부차입 등 재정조달을 통해 “연금회계”를 지원함에 따른 관련비용도 손금으로 인정해 주어야 함.

(2) 또한 공무원연금기금이 남아 있는 상태에서 먼저 공무원연금기금에서 “연금회계”로 자금을 지원해 주고 외부차입을 통해 보충하였다고도 볼 수 있는데, 이와 같은 주장의 이유는 “기금회계”에 있는 자산을 차입금으로 매입해 주고, 자산매각 대금으로 “연금회계”에 지원해 주었다고 할 수 있기 때문임.

(3) 이는 결국 차입금으로 금융자산운용 등 수익사업에 사용한 결과가 되어 대응하는 차입이자도 손금으로 인정해 주어야 함.

공무원연금법 제73조 · 법인세법 제113조 · 공무원연금법 제4조