수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인의 토지ㆍ건물 양도 과세여부

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 사단법인 대한의사협회는 보건사회부장관으로부터 1976.10.18 법인설립허가를 받고 설립된 비영리사단법인으로 본부, 지역 모두 영리사업은 하지 않음.

- 경기도의사회는 위 대한의사협회의 산하 기관임.

- 경기도의사회는 사무실로사용하고 있는 수원시 장안구의 토지 및 건물을 처분하고 새로운 사무실을 구입하려함.

○ 질의요지

- (사)대한의사협회에서 당해 사무실을 양도할 경우 양도소득세납부 등에 대한 세금 해당여부.

- 토지는 1980년 회원으로 부터 출연(증여), 건물은 1984년 자가 건축으로 취득가액을 확인할 수 없는 경우의 취득가액 계산방법.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 법인세법 제60조

① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바 에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서 에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)

1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) (1998. 12. 28. 개정)

2. 대통령령이 정하는 바 에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (1998. 12. 28. 개정)

3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (1998. 12. 28. 개정)

③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)

④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호 의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정)

⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)

○ 법인세법 제62조의 2

① 비영리내국법인( 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호 의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항 의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조 의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)

1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정)

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호 의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항 의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2 를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조 에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)

④ 「소득세법」 제96조 ㆍ 동법 제97조 ㆍ 동법 제98조 및 동법 제100조 의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조 의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조 의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항 의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설)

⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조 의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2 의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)

⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서 의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)

⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설)

○ 법인세법시행령 제99조의 2

① 법 제62조의 2 제1항 제1호 에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 나목 (주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호ㆍ제5호 에 규정된 자산을 말한다. (2005. 2. 19. 개정)

② 법 제62조의 2 제1항 각호 의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2 의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)

⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의 2 제7항 의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조 의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. (2001. 12. 31. 신설).

○ 법인세법 부칙(2005.12.31 법률 제7838호)

제1조

이 법은 2006년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제26조 및 법률 제5581호 법인세법개정법률 부칙 제8조 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제98조의 5의 개정규정은 2006년 7월 1일부터 시행하며, 제55조의 2의 개정규정은 2007년 1월 1일부터 시행한다.

제2조

이 법은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 적용한다.

따라서 부칙 개정규정에 따라 회신하고 함.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 서면2팀-1841,2005.11.18

「국세기본법」 제13조 제2항 의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 교회가 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것임.

귀 질의의 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임.

○ 서면2팀-2252, 2006.11.06

수익사업을 영위하는 비영리법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 구 「법인세법」 부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물을 양도하는 경우 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것임.

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