물류센터 개발사업과 관련한 사업권을 매입하는 경우 매입세액공제 여부

1. 사실관계

○ ㈜**물류센터 (이하 “자문대상법인”) 는 ** 시 ** 면 ** 리 소재 토지 지상에 물류 센터 개발 및 임대사업 (이하 “본건 사업”) 을 영위하기 위하여

- ㈜**종합건설 (이하 “양도인”) 과 20**.**.**. 사업권 양수도 계약을 체결하였고

- 사업권의 양수도대금은 **억원 (VAT포함) 으로 자문대상법인이 양수한 양수도 목적물은 다음과 같음

[별지1] 본건 인허가

1. 본건 물류센터 신축을 위한 건축법 상의 건축허가(건축허가가 이루어지기 전에 본 계약에 따른 거래종결이 이루어지는 경우에는 건축허가 신청을 자의 지위를 의미하고, 이하 “본건 건축허가”) 승계

2. 본건 물류센터 신축을 위한 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 상의 개발행위허가 승계

3. 본건 물류센터 신축을 위한 농지법 상의 농지전용허가(위 제②목에 따라 의제된 경우 포함하고, 농지전용부담금 납부와 관련된 법적 지위도 포함) 승계

4. 본건 물류센터 신축을 위한 산지관리법 상의 산지전용허가(위 제②목에 따라 의제된 경우 포함하고, 산지전용부담금 납부와 관련된 법적 지위도 포함) 승계

5. 본건 물류센터 인접 도로 설치를 위한 도로법 상의 비관리청 도로공사 시행허가 승계

6. 양도인과 양수인 사이에서 양도인이 거래종결일 이전까지 취득하기로 합의한 기타 인허가

* 사업의 포괄 양도 에 해당 하지 아니하며 , 본건 사업권이 재산적가치 가 있는 재화 인 것을 전제로 질의함

2. 질의요지

○ 사업자가 물류센터 개발 및 임대사업을 영위하기 위해 사업부지와 별도로 사업권을 매입하는 경우 매입세액 공제 여부

3. 관련 법령

○ 부가가치세법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “재화”란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 토지

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다 .

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제 하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조

법 제39조제1항제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입 세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

부가가치세법 제38조 · 부가가치세법 제39조