비영리법인이 국가 등과 계약에 의거 공급한 수탁연구용역이 부가가치세 면제대상인지 여부

1. 사실관계

○ ◎◎◎관리원(이하 “관리원”)은 산림청 산하 기타공공기관으로서 「민법」제32조(비영리법인의 설립과 허가)에 의거 산림청의 법인설립허가를 받아 설립된 비영리법인임

※ ◎◎◎관리원 정관 주요 내용

제2조 (목적) 관리원은 「수목원․정원의 조성 및 진흥에 관한 법률」(이하 “수목원정원법”) 제18조의13의 규정에 의하여 수목유전자원의 보전 및 자원화를 위해 기후 및 식생대별로 조성한 국립수목원을 운영 ․ 관리함으로써 국민의 삶의 질 향상과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 함

제4조(하부기관)

① 관리원은 산림청장의 승인을 얻어 필요하다고 인정되는 경우에 하부 기관을 둘 수 있음

② 하부기관의 명칭과 위치는 다음 각 호와 같음

1. 국립백두대간수목원(경상북도 봉화군)

2. 국립세종수목원(세종특별자치시)

제33조(사업)

① 관리원은 제2조의 목적을 달성하기 위하여 다음 각 호의 사업을 수행함

1. 수목원정원법 제5조제3항 에 따른 기후 및 식생대별 국립수목원의 운영 및 관리업무

2. 수목원정원법 제5조제1항 에 따른 국립수목원에서 수행하는 수목원정원법 제3조제1항제10호부터 제13호까지의 사업에 대한 보조 또는 지원

3. 수목유전자원의 효율적인 관리를 위한 산림생물(「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」제2조제2호가목의 산림자원에 해당하는 생물을 말함)의 보전 및 활용

4. 수목원 진흥에 필요한 정보 및 정보시스템 등의 관리․제공

5. 수목원 관련 교육 프로그램의 개발․보급

6. 수목원 관련 전문인력 양성

7. 수목원정원법 제18조의13제1항 에 따른 관리원의 사업 수행에 지장이 없는 범위에서 운영재원 충당을 위한 수익사업

8. 수목원정원법 제18조의13제1항 에 따른 수목원 진흥기본계획 수립을 위한 기초조사

9. 다른 법령에서 관리원이 수행할 수 있도록 한 사업

10. 국가, 지방자치단체 또는 그 밖의 기관으로부터 위탁받은 사업

11. 그 밖에 관리원의 사업 목적을 달성하기 위하여 필요하다고 산림청장이 인정하는 사업

○ 관리원은 산림청 및 지방자치단체 등으로부터 연구과제 용역들을 수탁받아 수행하고 있음

○ 관리원이 수행하고 있는 수탁연구사업현황

① 경북 및 충남지역 희귀특산식물 모니터링

- 발주처 : 산림청 국립수목원

- 계약기간 : 2018.3.20〜2018.10.20.

- 계약금액 : 25백만원

- 과업세부내용 : 경북지역 및 충남지역 희귀․특산식물 모니터링 및 위협요인 분석

② 특산식물 종자의 유전다양성 수집

- 발주처 : 산림청 국립수목원

- 계약기간 : 2018.3.20.〜2018.10.20.

- 계약금액 : 45백만원

- 과업세부내용 : 특산식물 분류군의 종자수집(확증 표본, 충실 종자, 식물 및 열매 화상자료, 대상 종에 따라 다양성을 고려한 지역 및 자생지별 수집)

③ DMZ불모지 복원을 위한 종자수집

- 발주처 : 산림청 국립수목원

- 계약기간 : 2018.2.27.〜2018.10.31.

- 계약금액 : 50백만원

- 과업세부내용 : DMZ일원 자생식물에 대한 종자 수집, 수집종자에 대한 확증표본, 화상자료 확보, 활력검정을 통한 충실종자의 납품, 발아검정을 통한 최적의 종선별 자료 제공

④ 전라/도서권역 국가생약자원의 수집조사 연구

- 주관기관 : 한국한의학연구원

- 세부기관 : 국립백두대간수목원

- 계약기간 : 2018.3.1.〜2018.11.30.

- 계약금액 : 120백만원

- 연구내용 : 전라/도서권역 국가생약자원 수집 및 조사, 전라/도서권역 국가생약자원 분포정보 수집 및 오류 수정, 전라/도서권역 국가생약자원 목록 작성

2. 질의내용

○ 비영리법인이 국가 등과 계약에 의거 공급하는 “경북 및 충남지역 희귀특산식물 모니터링, 특산식물 종자의 유전다양성 수집, DMZ불모지 복원을 위한 종자수집, 전라/도서권역 국가생약자원의 수집조사 연구” 수탁연구용역이

- 「부가가치세법」제26조제1항제18호 및 같은 법 시행령 제45조제1호 및 제2호에 따른 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제11조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

18. 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

○ 부가가치세법 시행령 제45조

법 제26조제1항제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

2. 학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체(이하 "학술등 연구단체"라 한다)가 그 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법 시행규칙 제34조

① 영 제45조제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제12조

법 제16조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업을 하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하는 자(이하 "공익법인등"이라 한다)를 말한다.

5. 「공익법인의 설립·운영에 관한 법률」의 적용을 받는 공익법인이 운영하는 사업

○ 공익법인의 설립·운영에 관한 법률 제2조

이 법은 재단법인이나 사단법인으로서 사회 일반의 이익에 이바지하기 위하여 학자금ㆍ장학금 또는 연구비의 보조나 지급, 학술, 자선(慈善)에 관한 사업을 목적으로 하는 법인(이하 "공익법인"이라 한다)에 대하여 적용한다.

○ 민법 제32조

학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다.

○ 수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률 제1조

이 법은 수목원 및 정원의 조성ㆍ운영 및 육성에 필요한 사항을 규정함으로써 국가적으로 유용한 수목유전자원의 보전 및 자원화를 촉진하고, 정원을 체계적으로 관리하여 국민의 삶의 질 향상과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다.

○ 수목원ㆍ정원의 조성 및 진흥에 관한 법률 제18조의13

① 다음 각 호의 사업을 효율적으로 추진하기 위하여 ◎◎◎관리원(이하 "관리원"이라 한다)을 설립한다.

1. 제5조제3항에 따른 기후 및 식생대별 국립수목원의 운영 및 관리 업무

2. 다른 법령에서 관리원이 수행할 수 있도록 한 사업

3. 국가, 지방자치단체 또는 그 밖의 기관으로부터 위탁받은 사업

4. 그 밖에 관리원의 목적 달성을 위하여 필요한 사업으로서 대통령령으로 정하는 사업

○ 농림축산식품부장관 및 그 소속 청장 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙 제1조

이 규칙은 「민법」에 따라 농림축산식품부장관 또는 그 소속 청장이 주무관청이 되는 비영리법인의 설립 및 감독에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

부가가치세법 제11조 · 부가가치세법 제26조 · 부가가치세법 시행령 제45조 · 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 · 부가가치세법시행규칙 제34조