비영리내국법인의 비상장주식 양도소득 특례적용

1. 질의내용 요약

비영리법인이 비상장주식을 양도하고 구 법인세법 제103조 의 특례규정에 따라 특별부가세를 신고 납부한 경우 구 법인세법 제99조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 별도로 15%의 특별부가세를 납부하여야 하는지에 대하여 양설이 있음

(갑 설) 구 법인세법 제99조 제1항 제4호 가목의 규정에 의하여 15%의 특별부가세를 추가로 납부하여야 한다.

(을 설) 구 법인세법 제103조 의 특례규정이 적용되어 특별부가세를 납부한 경우에는 같은법 제99조의 규정에 따라 별도로 15%의 특별부가세를 납부하지 않는 것이다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 구 법인세법 제103조

(삭 제, 2001. 12. 31)

① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득(이하 󰡒부동산등 양도소득󰡓이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 부동산등 양도소득에 대하여는 제99조 및 제101조의 규정에 불구하고 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 특별부가세로 납부하여야 한다.

○ 구 법인세법시행령 제145조

① 법 제103조 제1항에서 󰡒대통령령이 정하는 수입에서 생기는 소득󰡓이라 함은 토지․건물과 법 제99조 제1항 제4호 가목의 규정에 의한 자산 및 이 영 제139조 제10항의 규정에 의한 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 말한다.

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 구 법인세법 제99조

(삭 제, 2001. 12. 31)

① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 󰡒토지 등󰡓이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)

2. 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

4. 주식 또는 출자지분으로서 다음 각목의 1에 해당하는 것

가. 비영리내국법인이 양도하는 주식 또는 출자지분으로서 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 것 (제103조의 규정에 의한 비영리내국법인의 부동산 등 양도소득에 대한 특례의 경우에 한한다)

나. 주식 또는 출자지분의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성․특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 것

○ 소득세법 제94조

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29 개 정)

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 󰡒주식등󰡓이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29 개정)

가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 󰡒주권상장법인󰡓이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 󰡒대주주󰡓라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 󰡒유가증권시장󰡓이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2000. 12. 29 개정)

나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 󰡒협회등록법인󰡓이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 󰡒협회중개시장󰡓이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 (2000. 12. 29 개정)

다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등 (2000. 12. 29 개정)

○ 구 법인세법 제104조

(삭 제, 2001. 12. 31)

① 비영리내국법인이 제103조 제2항의 규정에 의하여 계산한 특별부가세는 소득세법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 및 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 법인46012-2738(1996.10.02)

수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인이 부동산등 양도소득이 있는 경우에는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 특별부가세를 같은법 제105조 내지 제108조의 규정에 의하여 자산양도차익 예정신고 및 납부한 때에는 법인세법 제59조 의 6 제3항의 규정에 의한 특별부가세의 과세표준에 대한 신고를 하지 아니할 수 있는 것이며, 동규정에 의한 자산 양도 차익 예정신고 및 납부를 하지 아니한 경우에도 법인세법 제26조 제1항 의 규정에 의한 과세표준 신고기한까지는 동 특례규정을 적용할 수 있는 것임

○ 법인46012-2339(2000.12.06)

법인세법 제3조 제2항 제1호 의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인의 부동산 양도로 인한 법인세특별부가세를 납부하는 경우 같은법 제99조 규정에 의하여 특별부가세를 납부하는 방법과 같은법 제103조 및 제104조의 특례규정에 따라 납부하는 방법중 당해 법인이 선택적으로 이를 적용하여 납부하는 것이며,

지방문화원진흥법에 의하여 설립된 양양문화원도 위 규정에 따라 법인세 특별부가세를 납부하여야 하는 것임

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