법인과 개인이 공동소유중인 건물의 일부 매각시 세무처리

1. 질의내용 요약

○ 사 실 관 계

A사(법인)는 2002년 B사(법인) 및 다수의 개인과 공동투자약정을 체결하고 900억 원 규모의 집합상가를 매입하였음

동 공동투자는 집합상가를 매입하여 임대, 분양, 처분을 하여 수익을 창출하고 이로 인하여 창출된 수익을 각 투자자가 지분율에 비례하여 안분하는 것을 목적으로 하고 있음. 공동투자 약정서상 투자수익의 배분은 “임대료 및 처분수익에서 이자, 수수료 등 제 경비 및 준비금 등을 제외하고 투자지분율대로 배분”하도록 되어 있음. 이에 A사를 비롯한 공동투자자는 집합상가 매입 시 매입금액 계산(세금계산서 수취 포함)은 총 투자 지분비율로 나누어서 하였고, 취득세 및 등록세 부담 역시 투자 지분비율로 하였음. 또한 , 집합상가 매입 이후에 집합상가를 임대하여 운영하고 매년 결산을 통하여 창출된 이익(소니실)을 공동투자 약정에 따라 투자 지분율에 의하여 공동투자자에게 안분하였고, 각각의 지분율에 따라 부가가치세, 법인세 및 종합소득세를 신고 및 납부하여 왔음

다만, 집합상가의 매입과 관련한 매입자금의 은행권 담보대출 조달의 문제로 집합상가는 A사와 B사 그리고 개인투자자 별로 분할되어 등기부에 등기되었음. 즉, 1층은 A사, 2층은 B사 그리고 개인투자자 별로 분할되어 등기부에 등기되었음. 비록 등기부상의 각 투자자 별 구분 등기가 각 층별 감정가액을 지분율에 따라 안분하는 방식으로 이루어 졌으나 실제적인 각 투자자의 집합상가에 대한 소유권(전체 집합상가의 투자 지분율 해당 분)과 등기부에 등기된 소유권(등기된 분)이 서로 일치하지 않을 수 있음

한편, A사, B사 및 개인투자자는 등기부에 등기된 바와는 무관하게 전체 집합상가에 대한 지분율 해당 금액을 장부상 유형자산으로 계상하고, 건물 등 감가상각 자산에 대하여는 감가상각비를 사업상 필요경비로 계상하고 이에 따라 법인세 및 종합소득세를 신고.납부하고 있음

1. 질의내용 요약

○ 질 의 사 항

질의 1) 공동사업자의 공동자산 매입후 분할 매각 시 세무상 처리

A사를 비롯한 공동사업자는 2002년 집합상가를 매입하여 임대사업을 영위하여 오던 중 유동자금의 조달을 목적으로그 중 일부(1층)을 분할하여 매각하게 되었음. 매각 예정대상인 집합상가의 1층의 실제 소유는 공동투자자 전체이나, 등기부상의 소유자는 A사로 되어 있는 경우 1층만을 분할하여 매각할 경우 매각 손익에 대한 세무상의 귀속은 누구로 보아야 하는지

(갑설) 비록 등기부상의 명의가 A사이나 공동투자약정에 의거 실질적인 소유자는 전체 공동소유자이며 그 매각 손익 또한 전체 공동소유자에게 지분율에 따라 안분될 것이므로 실질과세의 원칙에 따라 매각 손익은 각 공동출자자의 지분율에 따라 귀속되는 것으로 보아야 하며, 따라서, 각 지분율에 따라 A사와 B사는 법인세를 부담하고, 개인투자자는 양도소득세를 부담하여야 한다

(을설) 등기부상의 소유자가 A사이므로, 소유권이 A사에 있는 것으로 보아 A사 만이 법인세법상 소득을 계상하고, B사 및 개인투자자는 별도의 세무상 의무가 발생하지 아니하는 것으로 보아야 한다

질의 2) 질의1의 경우 (을설)이 맞을 경우 법인세법상 소득계산시 비용은 어 떻게 산출하여야 하는지

질의 3) 질의1이 (을설)이 맞을 경우 공동투자자에게 배분할 배분금액의 세무 상 처리는

질의 4) 매각될 1층의 취득원가의 산출

쟁점 집합상가의 감정평가는 2002년 이루어진 것으로 약 3년의 기간이 경과되었음. 이러한 상황에서 전체 집합상가의 취득원가 대비 매각될 집합상가 1층에 대한 취득원가는 어떠한 기준으로 산출하는 것이 세무상 적법한 안분인지

(갑설) 취득시점에 감정평가금액을 기준으로 장부에 계상된 것으로 보아 취득시 감정평가금액을 기준으로 안분한다.

(을설) 감정평가를 실시한 이후 장기간이 경과된 만큼 기준시가를 기준으로 안분한다.

(병설) 법인세의 경우 장부가액을 기준으로 안분하고, 양도소득세의 경우 기준시가로 양도차익을 산출한다.

(정설) 재 감정 등을 통하여 안분기준을 다시 산출한다

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제94조

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29 개정)

1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29 개정)(이하생략)

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 󰡒양도가액󰡓이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 󰡒양도차익󰡓이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22 개정)(이하 생략)

○ 소득세법 제96조

① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 󰡒실지거래가액󰡓이라 한다)에 의한다. (2002. 12. 18 개정)(이하생략)

○ 소득세법 제97조

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. (2000. 12. 29 개정) (이하생략)

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