비영리법인의 수익사업용 고정자산 처분손익 계산시 취득가액 계산

1. 질의내용 요약

<제 목> 비영리법인의 수익사업용 고정자산 처분손익 계산시 취득가액 계산에 관한 질의

○ 당 법인은 종교법인의 유지재단 산하 교회로서 1982년도에 토지를 매입하여 고유목적사업에 사용하려고 하였으나 그린벨트지역에 해당되어 건축물을 건축하지 못하여 고유목적사업에 사용하지 못하고 17년간 보유하던중 1999년에 양도 하였습니다.

○ 그러나 상기 부동산은 종교법인의 유지재단 산하 교회가 취득, 보유하는 과정에서 종교법인의 유지재단의 장부상 취득가액을 계상 누락하였을 뿐 아니라 그 취득가액도 불분명한 실정입니다.

이러한 상황에서 종교법인의 유지재단의 법인세 과세표준금액을 신고함에 있어서 특별부가세의 계산은 양도가액은 분명하고 취득가액은 불분명하여 법인세법 시행령 제141조제1항제1호 의 규정에 의하여 계산하여 신고 납부한 바 있습니다.

○ 그런데 법인세 계산을 위한 고정자산처분손익을 계산함에 있어서 취득가액이 불분명하여 취득가액을 없는 것으로 하여 양도가액 전액을 고정자산처분이익으로 재무제표에 계상하고 동 소득에 대하여 법인세법 제29조 의 고유목적사업준비금을 손금에 계상하고 법인세과세표준금액을 신고납부하였습니다.

○ 그러나 1998.12.28일자로 개정된 법인세법 개정법율 제5581호 부칙 제8조제2항을 적용하여 계산된 취득가액을 계산함에 있어서 다음과 같은 의문사항이 있어 질의하오니 조속히 회신하여 주시기 바랍니다.

< 질 의 내 용 >

<질의 1> 취득가액계산 의제 적용시기

① 수익사업용 자산도 아니고 고유목적사업에 사용하기 위하여 취득하였으나 불가피하게 사용할 수 없는 사유로 인하여 사용이 제한된 토지에 해당함으로 수익사업용 자산도 아니고 고유목적사업에 직접사용은 하지 아니하였다 하더라도 고유목적사업용 자산에 해당되기 때문에 국세청 법인46012-3408(97.12.26)에 의하여 91.1.1현재로 상속세 및 증여세법제60조 및 동법61조제1항 내지 제3항의 가액으로 평가하여야 하는지 여부?

② 고유목적사업에 사용하기 위하여 취득하였다 하더라도 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하고 양도로 인하여 처분수익이 발생하였음으로 수익사업용 자산으로 보아 취득가액계산 의제 적용시기를 89.1.1현재로 상속세법 및 증여세법 제60조 및 동법 제61조제1항 내지 3항의 가액으로 평가하여야 하는지 여부?

<질의 2> 취득가액 계산방법

만약에 <질의 1>의②번과 같이 고유목적사업용 자산의 양도로 보지아니하고 수익사업용 자산의 양도로 본다면 취득가액계산 의제 시기를 89.1.1현재로 상속세법제60조 및 동법 제61조제1항 내지 3항에 의하여 개별공시 방법에 의하여 평가한다고 하면 개별공시가가 고시되기 이전에 취득한 토지임으로 토지의 취득가액계산은 90.5.1자 법인세법 시행령개정 대통령령 제12995로 부칙 제3항에 의하여 환산된 가액으로 취득가액을 계산하여야 하는지 또는 개별공시지가 고시이전에 적용하던 지방세법의 등급가액으로 계산한 금액을 취득가액으로 하여야 하는지 여부?

<질의 3> 경정청구 가능여부

또한 당초장부상에도 계상누락되고 취득가액이 불분명하여 고정자산매매가액 전액을 고정자산 처분이익으로 계산하여 결산조정으로 수익계상 하였으므로 위<질의 2>에 의하여 계산된 취득가액을 손금산입하여 법인세 과세표준금액을 계산할수 있도록 경정청구 할수있는지 여부?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 법규

○ '98.12.28 개정 법인세법 부칙 제8조

① 제3조 제2항 제4호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 주식 또는 출자지분의 취득가액은 장부가액과 다음 각호의 금액 중 높은 금액으로 할 수 있다.

1. 증권거래소에 상장된 주식이나 출자지분의 경우에는 1988년 12월 31일의 증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)과 1988년 12월중 공표된 매일의 증권거래소 최종시세가액의 평균액 중 높은 금액

2. 증권거래소에 상장되지 아니한 주식이나 출자지분의 경우에는 1989년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제63조 제1항 제1호 나목 및 다목의 가액으로 평가한 가액

② 제3조 제2항 제5호의 개정규정을 적용함에 있어서 1988년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 1989년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다. 다만, 1990년 12월 31일 이전에 취득한 토지 및 건물로서 수익사업용이 아닌 것의 취득가액은 장부가액과 1991년 1월 1일 현재 상속세및증여세법 제60조 및 동법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.