○ 수탁자인 지방공단의 지방자치단체 과세사업 위탁업무와 관련된 매입세액의 공제 여부

1. 사실관계

○ OO시설공단 (이하 “신청인”이라 함)은 ｢지방공기업법｣ 제76조 에 의하여 설립된 지방공단으로 지방자치단체인 OO시로부터 그 공유재산의 관리 및 운영을 수탁받아 동 시설을 관리하는 비영리법인(면세사업자)으로

- 수탁받은 공유재산 유지관리, 사용허가, 사용료(임대료)부과 등을 주요업무로 하고 있음

○ 공유재산 유지관리에 소요되는 재원(인건비, 경상비, 사업비)은 위탁기관인 OO 시에서 매년 예산 편성하여 지원해 주고, 수탁기관인 “신청인”은 예산을 교부 받아 재화 또는 용역을 매입하고 “신청인” 명의로 세금계산서를 수취 하여 매입세액 불공제 처리하고 있음(신청인은 면세사업자에 해당)

○ 2007.01.01.부터 ｢부가가치세법 시행령｣ 제38조제3호 에 의거 지방자치단체가 공급하는 재화 또는 용역 중 부동산임대업, 기타 운동시설 운영업 등이 면세에서 과세로 전환되었음

- 이에 따라 당초에는 ｢부가가치세법 시행령｣ 제4조제1항제13호 본문내용(국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 제38조제3호에 따른 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소)에 따라 공유재산 사용료(임대료)와 부가가치세를 수탁기관인 신청인이 위탁기관인 OO 시 명의로 부과(발행)만 하였고, 위탁기관인 OO시는 시금고에 수납된 부가가치세를 그 명의로 매분기 신고․납부해 왔음

○ 그러나 부과 및 신고․납부 이원화 등 제도 운영상 문제점이 발생되어 ｢부가가치세법 시행령｣ 제4조제1항제13호 단서내용(다만, 위임․위탁 또는 대리에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 수임자․수탁자 또는 대리인이 그 업무를 총괄하는 장소)을 근거로 위탁기관인 OO시에서 수탁기관인 신청인 명의로 공유재산 사용료(임대료)에 대한 부가가치세를 부과(발행), 수납, 신고․납부하도록 지침을 시달하였음(2010.07.01.부터 시행)

2. 신청내용

○ 지방자치단체의 과세사업인 공유재산 임대 업무의 수탁기관인 “신청인”이 자기의 명의로 공유재산 사용료(임대료)에 대한 부가가치세를 부과(발행) , 수납, 신고․납부할 경우

- 해당 사업과 관련한 매입에 대하여 수탁기관인 “신청인” 명의로 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받을 수 있는지

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조

① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 제17조

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만 , 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

○ 부가가치세법 시행령 제4조

① 법 제4조 제1항의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소로 한다. 다만, 다음 각 호의 사업에 있어서는 해당 호에 따른 장소를 사업장으로 한다.

13. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 제38조 제3호에 따른 사업에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소. 다만, 위임ㆍ위탁 또는 대리에 의하여 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 수임자ㆍ수탁자 또는 대리인이 그 업무를 총괄하는 장소

○ 부가가치세법 시행령 제38조

법 제12조 제1항 제18호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다.

3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 시행령 제58조

① 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에 수탁자 또는 대리인이 재화를 인도하는 때에는 수탁자 또는 대리인이 위탁자 또는 본인의 명의로 세금 계산서를 발급하며, 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 인도하는 때에는 위탁자 또는 본인이 세금계산서를 발급할 수 있다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.

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