사업자가 별도의 협약에 의하여 수령한 관리용역 대가의 부가가치세 과세여부

사업자가 총괄주관기관으로서 별도 협약에 따라 기술개발사업의 세부주관기관·세부과제를 총괄 관리하고 지급받는 금액은 대가관계 없는 정부출연금이 아니라 과세되는 용역공급대가에 해당하여 부가가치세 과세표준에 포함된다. ‍​​‌​‌​​‌​‌‌‌​​질의자는 산업자원부 지원금을 출연금으로 볼지, 정부업무 대행용역이나 면세 학술·기술연구용역의 부수용역으로 볼지 물었으나, 국세청은 총괄 관리라는 별도 용역을 실제 공급하고 그 대가를 받는 것이므로 세금계산서를 발행해야 한다고 회신하였다. ‍​​‌​​‌‌‌‌‌‌‌‌정부지원금 부가세 여부는 명목이 출연금이어도 구체적 관리용역의 대가관계가 있으면 과세된다. ‍‌‌‌​‌‌‌​​​‌‌‌당시 면세 근거로 검토된 부가가치세법 제12조(면세)·시행령 제35조 인적용역 규정은 적용되지 않았다.