국가연구개발 사업출연금의 부가가치세 과세표준 포함 여부

[ 질 의 ]

〔사실관계〕

□ 산업발전법, 정보화촉진기본법, 과학기술기본법 등 관련법령에 근거하여 산업자원부, 정보통신부, 과학기술부장관이 기술적·경제적으로 가치가 높아 국가적으로 개발이 필요한 기술과제를 선정하여 공모를 통해 대상 사업자를 선정하고, 선정된 사업자에게 동 기술개발에 필요한 사업비의 일부(총 사업비의 80%)를 정부출연금으로 지원

○ 사업의 수행

- 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관(이하 "전문기관"이라 함)과 지원대상사업의 수행자로 선정된 사업자(이하 "주관기관"이라 함)가 별도 협약을 체결하고 사업계획서에 따라 사업을 수행(사업비 20% 본인부담)

ㅇ 사업비(정부출연금)의 지급 : 전문기관이 협약서에 정한 기준에 따라 지급

○ 사업비의 사용·정산 : 주관기관은 연구개발비를 다른 용도의 자금과 분리하여 별도의 계정을 설정하여 관리. 연구개발과제 종료 시 개발비 사용실적을 정부(전문기관)에 보고하고 잔액이 발생한 경우 반납

* 전문기관 : 한국산업기술평가원(산자부), 과학기술기획평가연구원(과기부) 등

○ 연구개발결과 보고 : 연구개발에 대한 중간보고서 및 최종보고서를 협약에서 정한 기일까지 정부(전문기관)에 제출

- 산업재산권(지적재산권) 및 발생품의 귀속

· 유형1 : 연구개발 완료시까지는 정부부담금 지분 상당 부분은 정부소유로 하고 사업완료 후 기술료 납부시점부터 주관기관이 소유

[ 질 의 ]

· 유형2 : 정부지분 상당부분도 주관기관이 소유. 단, 공익목적 활용에 필요한 경우, 기타 주관기관의 소유가 부적합한 경우에 정부, 전문기관 또는 공동소유로 할 수 있음

○ 기술료의 납부 : 협약에 의하여 납부할 기술료가 정하여 짐

- 대부분의 경우 주관기관은 정부출연금의 30%를 5년 균등 분할하여 정부에 기술료로 납부하는 경우가 대부분이나 기술료 납부가 없는 경우도 있음(동 30%는 기술개발을 위한 재원으로 활용)

○ 연구결과 실패시 지원금의 상환 여부

- 정부출연금 전액을 환수할 수 있으나 연구개발사업과제를 성실하게 수행한 것으로 인정될 때는 출연금의 환수 등 조치를 면제할 수 있음

〔질의 내용〕

주관기관이 국책연구과제에 참여하고 정부출연금을 직접 받는 경우 동 정부출연금을 용역 제공의 대가로 보아 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

(갑설) : 부가가치세 과세표준에서 제외됨

(을설) : 용역의 공급대가에 해당하므로 과세표준에 포함

부가가치세법 제13조