재화의 공급시기 및 손익 사후정산시 부가가치세 과세대상 여부

1. 사실관계

○ 당사는 바이오시밀러의 개발 및 상업화를 주된 목적으로 하는 내 국법인과 미국법인의 합작법인으로 항체 의약품 에 대한 개발 및 상용화를 주된 사업으로 하고 있음

- ① 연구개발단계, ② 시험생산단계, ③ 임상실험 단계, ④ 당국 허가, ⑤ 상업화 생산ㆍ판매, ⑥ 거래당사자 간 손익정산 단계의 프로세 스로 업무를 진행함

○ 당사는 국외 B사 또는 국외 M사와의 DCA계약(‘바이오시밀러 상 업화 생산 및 판매에 관한 사업협력계약’) 에 따라 당사는 연구·개발 및 생산을 담당하고, B사 또는 M사는 제품 유통 및 소 비자 판매를 담당함에 따라 바이오시밀러로 인해 획득된 손익 을 각 거래당 사자간 각각 50:50으로 안분하였거나 할 예정에 있음 (당 사 50% : B사 50%, 당사 50% : M사 50% )

- 당사 는 바이오시밀러 개발·생산 관련 독점적 권리·의무를 보유하고 , B사 또는 M사는 바이오시밀러 판매 관련 독점적 권리·의무를 보 유함

○ 바이오시밀러는 상업화 생산을 위하여 원료의약품(DS)를 생산하여 시중에 유통되는 완제의약품(DP)으로 제품을 완성한 후 B사와 M사 의 각국 판매처를 통해 최종소비자에게 판매되며,

- 원료의약품(DS)과 완제의약품(DP) 에 대한 법적 권리는 B사 또는 M 사에 전달하기 전까지는 당사 소유, B사 또는 M사에 전달한 이후에는 B사 또는 M사의 소유임

- B사 또는 M사 에 위 제품 공급 시 각사가 지정한 운송업체에 전 달하면 소유권이 이전되고 책임이 면제되는 FCA조건으로 거래함

- DS/DP의 생산 및 유통구조는 B사 와 거래할 경우와 M사 와 거 래할 경우로 구분되며, 두 거래의 주요 차이점은 회사가 직 접 상업화 의약품전문위탁업체(이하 “CMO”)를 통해 DP를 생산하 는지 여부로 아래와 같은 거래구조임

① B사 와의 거래구조

▪ 당사 책임하에 DS 및 DS가공을 위한 부자재를 B사의 CMO에 공급 하고, B사 책임하에 B사의 CMO에서 DP를 제조하여 B사의 각국 판매 처로 유통 및 판매하는 과정임

▪ 당사는 미국 소재 Biogen MA.Inc.(US)와 DS공급 계약을 체결하고, DS생산에 필요한 원재료(Resin) 등을 구입하여 당사가 덴마크 소재 Biogen Manufacturing Aps(DK)[Biogen MA.Inc의 위탁가공업체]에 공급

▪ 생산된 DS는 Biogen International GmbH[B사의 해외 관계사]의 위탁생산업체인 벨기에와 이탈리아 소재 CMO(이하 “B사 CMO”)로 공급되어 DP(완제의약품)로 생산됨

▪ B 사 CMO로 인도된 DS가 DP로 생산되기 위해서는 제형·용기 등의 부자재가 필요하여 대만 소재의 부자재 생산업체 에서 부자재를 구 입

- 구입한 부자재는 M사와의 거래를 위한 당사의 DP 생산용으로, ‘B사 CMO’ 이자 동시에 ‘당사 CMO’ 인 벨기에와 이탈리아 소 재의 CMO 장소에 보관함

- 대만 소재의 부자재 공급업체로부터 B사 DP 및 당사의 DP를 생산하는 CMO에 부자재 인도 시, B사 CMO(B사의 DP생산 목적)에서 사용할 부자재의 수량이 결정되어 있지 아니함

- 다만, 당사는 B사 CMO에서 부자재 사용시마다 그 사용되는 수량을 확인하기 어려워 월말 정산을 통해 거래당사자간 그 사용수량을 확인 한 후 사용한 달의 다음달말일까지 Invoice를 발급하여 부자재 공급에 따 른 거래대금을 지급받고, B사 CMO에서 사용되는 부자재의 공급단가는 당사와 B사간 최초공급 시 약정한 단가를 적용함

▪ 생산된 DP(완제의약품)는 B사의 각국 판매처로 유통되어 최종소비자 에게 판매됨

② M 사 와의 거래구조

▪ 당사의 계산과 책임으로 국외에서 DS 및 DP를 가공하여 M사에 인도 하고, M사의 각국 판매처로 유통 및 판매하는 과정임

▪ DS를 생산하는 거래과정은 B사와 동일하고, DP를 생산하는 과정은 타사의 위탁생산업체가 아닌 당사와 직접 위탁생산계약을 체결한 위탁생산업체인 벨기에·이탈리아 소재 CMO(이하 “당사 CMO”)로 DS가 공급되어 DP를 생산함

▪ 당사 의 CMO에서 생산된 DP는 M사로 인도되어 M사의 각국 판매처로 공급하기도 하고, 일부는 직접 수입하여 국내법인에 판매하기도 함

○ 손익의 사후정산(True-up) 과정

- DCA계약을 통하여 당사와 B사 또는 M사는 연구개발ㆍ생산 및 판매와 관련된 모든 손익을 각 거래당사자간 분기 또는 연 단위로 사후정산하고 있음

- 정산총손익(=순 매출 - 당사 비용 - B사 또는 M사 비용)의 절 반과 당사의 손익(=잠정공급가액 × 공급수량 – 당사 비용)을 비교하여

2. 질의내용

○ 당사가 위탁생산한 DS를 B사의 CMO에 공급 시 부가가치세법상 공급시기, 당사의 CMO에서 DP를 M사에 공급하는 경우 의 부가가치세법상 공급시기

○ 당사와 B사간 거래 시 당사가 B사의 CMO에 공급하는 부자재의 부가가치세법상 공급시기

○       손익의 사후정산(True-up) 과정에서 손익정산금 수수가 부가가치세 과세대상인지 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제4조

부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

○ 부가가치세법 제15조

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 제19조

① 재화가 공급되는 장소는 다음 각 호의 구분에 따른 곳으로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화의 이동이 시작되는 장소

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 공급되는 시기에 재화가 있는 장소

② 제1항에서 규정한 사항 외의 재화가 공급되는 장소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제28조

⑥ 수출재화의 경우 다음 표의 구분에 따른 때를 재화의 공급시기로 본다.

1. 법 제21조 제2항 제1호 또는 이 영 제31조 제1항 제1호에　해당하는 경우 :　수출재화의 선(기)적일

2. 원양어업 또는 제31조 제1항 제2호에 해당하는 경우　:수출재화의 공급가액이 확정되는 때

3. 제31조 제1항 제3호부터 제5호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 경우　: 외국에서 해당 재화가 인도되는 때

○ 부가가치세법 시행령 제31조

① 법 제21조 제2항 제2호에서 “중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다.

1. 중계무역 방식의 수출(수출할 것을 목적으로 물품 등을 수입하여 「관세법」 제154조 에 따른 보세구역 및 같은 법 제156조에 따라 보세구역 외 장치의 허가를 받은 장소 또는 「자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률」 제4조 에 따른 자유무역지역 외의 국내에 반입하지 아니하는 방식의 수출을 말한다)

2. 위탁판매수출[물품 등을 무환(無換)으로 수출하여 해당 물품이 판매된 범위에서 대금을 결제하는 계약에 의한 수출을 말한다]

3. 외국인도수출[수출대금은 국내에서 영수(領收)하지만 국내에서 통관되지 아니한 수출물품 등을 외국으로 인도하거나 제공하는 수출을 말한다]

4. 위탁가공무역 방식의 수출[가공임(加工賃)을 지급하는 조건으로 외국에서 가공(제조, 조립, 재성, 개조를 포함한다. 이하 같다)할 원료의 전부 또는 일부를 거래 상대방에게 수출하거나 외국에서 조달하여 가공한 후 가공물품 등을 외국으로 인도하는 방식의 수출을 말한다]

5.     원료를 대가 없이 국외의 수탁가공 사업자에게 반출하여 가공한 재화를 양도하는 경우에 그 원료의 반출

○ 법인세법 시행규칙 제33조

영 제68조 제1항 제1호의 규정에 의한 상품 등을 인도한 날의 판정을 함에 있어서 다음 각 호의 경우에는 당해 호에 규정된 날로 한다.

1. 납품계약 또는 수탁가공계약에 의하여 물품을 납품하거나 가공하는 경우에는 당해물품을 계약상 인도하여야 할 장소에 보관한 날. 다만, 계약에 따라 검사를 거쳐 인수 및 인도가 확정되는 물품의 경우에는 당해검사가 완료된 날로 한다.

2. 물품을 수출하는 경우에는 수출물품을 계약상 인도하여야 할 장소에 보관한 날

○ 서면-2015-법령해석부가-1692, 2015.10.29.

사업자 “갑”이 “을”과 전기동 공급계약을 체결하여 “을” 사업장에 소재한 창고에 전기동을 입고시키고 “을”은 필요할 때마다 직접 해당 창고에서 전기동을 출고하여 사용한 후에 그 출고한 전기동 물량에 대해 주1회 “갑”에게 통보하는 등 “을”의 창고에 전기동이 입고되는 때부터 사실상 “을”에게 해당 전기동을 사용・소비할 권한이 이전되는 경우에는 “갑”이 “을”의 창고에 전기동을 입고하는 때가 부가가치세법 제15조제1항 에 따른 공급시기가 되는 것임. 다만, “갑”이 전기동을 공급하는 경우가 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임

○ 서면3팀-2157, 2005.11.29

대외무역법에 의한 위탁가공무역 방식으로 수출하는 경우에 있어서 당해 수출하는 재화의 공급 시기는 부가가치세법 시행령 제21조 제1항 제10호 다목에 의하여 외국에서 당해 재화가 인도되는 때이며, 이 경우 영세율 첨부서류는 수출계약서 사본 또는 외국환은행이 발행하는 외화입금증명서가 되는 것임

○ 서면3팀-2204, 2005.12.05

사업자가 외국인도수출하는 경우의 공급시기는 당해 재화가 인도되는 때이며, 부가세 과세표준은 당해 수출에 대한 가액을 말함

○ 부가46015-918, 2000.04.26

제조업자(A)가 재화를 판매업자(B)에게 인도한 후, B가 동 재화를 매출한 때를 A의 공급시기로 본다는 판매계약은 ‘기타 조건부거래’에 해당하지 않아, 그 공급시기는 ‘인도’되는 때가 됨

○ 서삼46015-10442, 2003.03.17

사업자간 약정에 의해 영업이익율을 보장하는 가액으로 판매한 후, 보장이익금액과 실제이익금액의 차액을 정산해 후 수수하는 경우, 수정세금계산서 교부할 수 없고 그 수수하는 금액은 부가가치세 과세대상 아님

○ 서삼46015-10705, 2002.04.29

외국법인이 국내사업장에서 특수관계인 내국법인에게 재화를 공급하고 세금계산서를 교부한 후, 당해 내국법인의 영업이익에 따라 금전을 지급하거나 지급받는 경우, 수정세금계산서를 교부할 수 없음

법인세법 시행규칙 제33조 · 부가가치세법 시행령 제31조 · 부가가치세법 시행령 제28조 · 부가가치세법 시행령 제21조 · 부가가치세법 제19조 · 부가가치세법 제15조 · 부가가치세법 제4조