비과세 요건을 갖추지 못한 조합원입주권에 대한 장기보유특별공제액 계산 방법

※ 붙임 : 관련 참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2003.12.2. A주택(서울시 소재) 취득

- 2007.2.8. A주택 재건축 관리처분계획인가

- 2009.11.5. A주택 조합원입주권 양도

※ A주택에서 거주하지 않음(1세대 1주택 비과세 관련 거주요건 미충족 )

○ 질의내용

- 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추지 못한 기존주택의 재건축으로 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제액 계산 방법(대상 양도차익, 보유기간 및 공제율)

2. 질의내용에 대한 자료

○ 소득세법 시행령 제155조

① ～ ⑯ 생략

⑰ 법 제89조제2항 본문에 따른 조합원입주권(이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대[ 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제154조제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다]가 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조제1항제2호가목에도 불구하고 제154조제1항에 따른 1세대1주택으로 본다 . 다만, 제2호의 경우에는 당해 1주택을 취득한 날부터 2년 이내에 당해 조합원입주권을 양도하는 경우에 한한다.

1. 양도일 현재 다른 주택이 없는 경우

2. 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 소유한 경우

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

표 1

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

4년 이상 5년 미만

100분의 12

5년 이상 6년 미만

100분의 15

6년 이상 7년 미만

100분의 18

7년 이상 8년 미만

100분의 21

8년 이상 9년 미만

100분의 24

9년 이상 10년 미만

100분의 27

10년 이상

100분의 30

표 2

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상

100분의 80

③ 이하 생략

○ 소득세법 시행령 제159조의2

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 재산세과-1078, 2009.06.01.

1. 「 소득세법 시행령」제155조 제17항의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 조합원입주권은 「소득세법」제95조 제2항 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것이나 ,

2. 당해 조합원입주권이 「소득세법시행령」제155조 제17항의 요건을 갖추지 못한 1조합원입주권으로서 「소득세법 시행령」제166조 제1항에 따라 양도차익을 계산하는 경우 장기보유특별공제액은 기존부동산분 양도차익에 기존부동산의 보유기간을 계산하여 「소득세법」제95조 제2항 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 적용하여 계산하는 것임

○ 재산세과-3344, 2008.10.17.

「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 장기보유특별공제는 기존부동산의 양도차익에 대하여 취득시부터 관리처분계획인가일(2005.5.30. 이전에 「도시 및 주거환경정비법」에 의하여 사업시행인가를 받은 재건축 조합원입주권은 사업시행인가일)까지의 보유기간에 대한 적용률을 적용하여 계산하는 것임.

○ 서면4팀-1090, 2007.04.04.

귀 질의의 경우, 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가 또는 「주택건설촉진법」제33조의 규정에 의한 사업계획의 승인으로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 “조합원입주권”이라 함)를 양도하는 경우로서 당해 조합원입주권이 「소득세법 시행령」제159조의 2의 규정에 의한 “1세대 1주택”에 해당하지 아니하는 경우 「소득세법」제95조 제2항 제3호 단서의 규정(양도차익에 100분의 45를 적용하여 장기보유특별공제액 계산)을 적용하지 아니하는 것임

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