법인세 납세의무가 있는지

1. 사실관계

○ 국토교통부 (이하 ‘국토부’) 는 교통사고로 인한 부상자나 후유장애인의 재활을 지원하고 능동적 복지를 실현하고자

- 2002년 1월 ｢자동차손해배상 보장법｣을 개정해 의료재활시설 설치 근거를 마련하였고,

- 2014년 8월 AA병원의 개설자로서 OO군 보건소로부터 의료기관 개설허가증을 발부받았으며,

- AA병원 부지와 건물에 대해 소유권 보존등기 * 를 하였음

* 토지 및 건물의 등기사항 증명서상의 소유자는 국(국가)이고, 관리청은 국토부로 기재되어 있으며 2014년 10월 AA병원을 개원함

○ 국토부는 ｢자동차손해배상 보장법｣ 제32조제1항제1호 의 요건을 갖춘 재활시설운영자에게 의료재활시설 및 재활사업의 관리․운영을 위탁할 수 있는 바,

- 국토부가 보유한 시설물인 AA병원에 대한 관리·운영을 2014년 10월부터 2019년 9월까지 갑병원에,

- 2019년 10월부터 현재까지 을병원에 위탁하였으며,

- 위·수탁협약서에 따라 AA병원의 관리․ 운영과 관련하여 위탁운영자인 을병원이 취득한 재산은 모두 국토부에 귀속됨 (AA병원의 운영과 관련 하여 발생한 수익과 비용 전부 국토부에 귀속)

○ 한편, AA병원의 최초 위탁운영자인 갑병원은 AA 병원이 설치된 2014년경에 보조금 관리를 위한 별도의 계좌개설 및 AA병원 근로자의 원천징수 등 세금업무의 편의를 위해,

- ｢부가가치세법 시행령｣ 제12조 에 따라 AA병원을 국가기관으로 보아 등록번호에 준하는 고유번호 발급을 OO세무서에 신청했으나,

- OO 세무서는 고유번호 신청을 반려하고 AA병원을 비영리 내국 법인 으로 보아 사업자등록증을 교부하여 AA병원에 대한 법인세 납세의무가 발생하게 되었음

2. 질의내용

○ 국토교통부가 AA병원을 설치한 후 관리․운영을 위탁하고, 해당 병원에서 발생하는 수익과 비용이 전부 국토교통부에 귀속되는 경우 AA병원에서 발생하는 소득에 대해 법인세를 납부하여야 하는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 법인세법 제3조

② 내국법인 중 국가와 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)는 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 없다.

○ 부가가치세법 시행령 제12조

① 법 제8조제6항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다.

② 관할 세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제54조 제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여할 수 있다.

법인세법 제3조 · 부가가치세법 시행령 제12조