외국인투자금액이 설비투자와 운영자금에 혼용되어 사용된 경우 조세감면 적용 여부

1. 사실관계

○ 내국법인 갑은 물적분할로 A사업부문을 분할하여 분할신설회사를 설립하였음

- 분할신설회사는 분할등기일에 초기 시설투자 및 운영자금 확보를 위하여 차입금을 승계하였음

○ 갑 법인은 외국법인에 분할신설법인 지분을 양도하였고 이후 갑법인과 외국법인은 차입금 상환 및 운영자금 등 조달을 목적으로 하는 분할신설회사의 유상증자에 참여하였음

- 유상증자 후 분할신설회사는 증자자금 중 일부를 설비투자 및 운영자금 조달을 위해 승계했던 차입금 상환에 사용할 예정이고 일부는 증자 이후 설비에 대한 후속투자 및 운영자금으로 사용할 예정임

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제121조의2

① 다 음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자 ( 「외국인투자촉진법」제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다 . 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대해서는 제2항부터 제5항까지 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세를 각각 감면한다.

2. 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호 에 따른 외국인투자지역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투자기업이 경영하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업

가. 제2호의2의 사업인 경우 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제25조에 따른 경제자유구역위원회

나, 다 생략

② 「 외국인투자촉진법」 제2조제1항제6호 에 따른 외국인투자기업(이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제 1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과 세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되 는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세 연도에는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산 출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총 과세 표 준 에서 차지하는 비율을 곱한 금 액을 말한다)에 외국인투자 비율 (외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통 령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항, 제12항제1호·제2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액 을, 그 다 음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상 당 하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항제2호의2부터 제2호 의9까지 및 제3호에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대 해서는 해당 사업을 개시한 후 그 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 각 각 감면한다. 이 경우 감면대상세액을 산정할 때 외국인 투자기업 이 감면기간 중에 내국 법인(감면기간 중인 외국인투자기업은 제외 한다)과 합병하여 해당 합 병법인의 외국인투자비율이 감소한 경우에는 합병 전 외국인 투자 기업의 외 국인투자비율을 적용한다.

⑥ 외국인투자기업이 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따른 감면을 받으려면 그 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일까지 기획재정부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항에 따라 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받으려면 해당 변경사유가 발생 한 날부터 2년이 되는 날까지 기획재정부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 남은 기간에 대해서 만 적용된다.

⑬ 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년이 지나는 날 까지 최초의 출자(증자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 하지 아니하는 경우에는 제8항에 따른 조세감면결정의 효력이 상실되며, 외국인투자 신고 후 최초의 조세감면결정 통지일부터 3년 이내에 최초의 출자를 한 경우로서 최초의 조세감면결정 통지일부터 5년이 되는 날까지 사업을 개시하지 아니한 경우에는 최초의 조세감면결정 통지일부터 5년이 되는 날을 그 사업을 개시한 날로 보아 제2항, 제 4항, 제5항, 제12항 및 제18 항을 적용한다.

○ 조세특례제한법 제121조의4

① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대 해 서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으 로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조의2 제8항에 따 른 주무 부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다 .

③ 제1항을 적용할 때 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다.

⑤ 제1항에도 불구하고 외국인투자신고 후 최초의 조세감면결정 통지 일부터 3년이 되는 날 이전에 외국인투자기업이 조세감면결정 시 확인된 외국인투자신고금액의 범위에서 증자하는 경우에는 제12 1조의2제6항에 따른 감면신청을 하지 아니하는 경우에도 그 증자 분 에 대하여 제121조의2제8항에 따른 감면결정을 받은 것으로 본다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2

③ 법 제121조의2제1항제2호에 따라 법인세·소득세·취득세 및 재산세 를 감면하는 외국인 투자는 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호 에 따른 외국인투자지역안에서 새 로이 시설을 설치하는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다 .

1. 외국인투자금액이 미화 3천만불 이상으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하기 위한 시설을 새로 설치하는 경우

가. 제조업

나. 컴퓨터프로그래밍, 시스템통합 및 관리업

다. 자료처리·호스팅 및 관련 서비스업

⑭ 법 제121조의2제2항 각 호 외의 부분 후단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인투자비율"이란 「외국인투자 촉진법」 제5조 제3항에 따른 외국인투자비율을 말한다. 다만, 외국인투자가가 회사 정리계획인가를 받은 내국법인의 채권금융기관이 회사정리계획에 따라 출자하여 새로이 설립한 내국법인(이하 이 항에서 "신설법인"이라 한 다)에 대하여 2002년 12월 31일까지 외국인투자를 개시하여 동기한까지 출자목적물의 납입을 완료하는 경우로서 당해 신설법인의 부채가 출자 전 환(2002년 12월 31일까지 출자전환되는 분에 한한다)됨으로써 우선주 가 발행되는 때에는 다음 각호의 비율중 높은 비율을 그 신설법인의 외국 인투자비율로 한다 .

○ 외국인투자촉진법 제5조

① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국 국민이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국 인투자를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제부장관에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율(외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다. 이하 같다) 등 대 통령령으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다.

조세특례제한법 제121조 · 조세특례제한법 제121조의2 · 조세특례제한법 제121조의4 · 조세특례제한법 시행령 제116조의2