구분경리한 것으로 보아 증자분 감면대상 사업만을 기준으로 감면세액을 계산할 수 있는지 여부

1. 사실관계

○ 내국법인A 는 외국인투자법인(지분 100%)으로 2011년 지점 소재지로 본점 이전함

○ 신설사업장 설치비용에는 총 ooo억원의 자금 을 사용하였음

○ 내국법인A는 2000.1.1～2009.12.31 기간 동안 조특법 제121조의2 제1항 제1 호 의 고 도기술수반사업에 따른 감면을 받았으며 2009년 외국인투자 자 본 금 에 대하여 조특법 제121조의2 제1 항제2호의 조세감면을 신청․승인받음

- 증자분 감면사업에 대하여 2013사업연도에 최초 소득이 발생하여 감면적용

- 신설사업 장에서 발생한 소득 전부를 증자분 감면대상소득으로 보아 도소매, 임가공 매출은 비감면, 제조업 소득을 감면대상소득 으로 구분하고 2009년 증자금 액을 외국인투자본금 및 총자본금으로 하여 외국인투자비율 100%, 감면비율 100 % 적용

2. 질의내용

○ 고 도기술을 수반하는 사업으로 조세감면을 적용받던 외국인투자기업이 감 면 종료 후 경제자유구역 입주에 따른 감면사업을 위하여 새로이 공장시설을 설치하여 증자분 조세감면을 적용받는 경우

- 증자분 감면세액 계산시 신설사업장에서 제조로 인하여 발생된 모든 소득을 증자분 감면대상 소득으로 산정하고 증자분 감면대상 사업 을 기준으로 계산한 외국인 투자비율을 적용한 것을 인정할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제121조의2

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 하기 위한 외국인투자 (「외국 인 투자촉진법」 제2조제1항제4호에 따른 외국인투자를 말한다. 이하 이 장 에서 같다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 외국인투자 에 대해서는 제2항, 제4항, 제5항 및 제12항에 따라 법인세, 소득세, 취득세 및 재산세( 「지방세법」 제111조 에 따라 부과된 세액을 말한다. 이하 같다)를 각각 감면한다.(생략)

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 사업으로서 「외국인투자 촉진법」 제27조에 따른 외국인투자위원회의 심의를 거쳐 정하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

2. 「외국인투자촉진법」 제18조제1항제2호 에 따른 외국인투자지역에 입주 하는 외국인투자기업이 경영하는 사업 및 제2호의2, 제2호의8, 제121조의8제1항 또는 제121조의9제1항제1호의 사업 중 외국인투 자기업이 경영 하는 사업으로서 다음 각 목의 위원회의 심의ㆍ의결을 거치는 사업

가. 제2호의2의 사업인 경우 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별 법」 제25조에 따른 경제자유구역위원회

2의2. 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」 제2조제1호 에 따 른 경제자유구역에 입주하는 외국인투자기업이 경영하는 사업

② 「외국인투자촉진법」 제2조제1항제6호 에 따른 외국인투자기업 (이하 이 장에서 "외국인투자기업"이라 한다)에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항에 따라 감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득에 대 해서만 감면하되, 그 사업을 개시한 후 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도 까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우 에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도에 는 해당 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당금액(총산출세액에 제1항 각 호의 사업을 함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율(외국인투자기업이 발행한 주식의 종류 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 외국인 투자 비율을 말한다. 이하 이 장에서 같다)을 곱한 금액(이하 이 항 , 제12항제1호・제 2호 및 제121조의4제4항에서 "감면대상세액"이라 한다)의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세 연도에는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다 .(생략)

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의2

⑭ 법 제121조의2제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산 한 외국인 투자비율"이란 「외국인투자촉진법」 제5조제1항 의 규정에 의한 외국인 투자비율을 말한다.(단서 생략)

○ 외국인투자촉진법 제5조

① 외국인은 대한민국법인(설립 중인 법인을 포함한다) 또는 대한민국 국민 이 경영하는 기업이 새로 발행하는 주식등의 취득에 의하여 외국인투자 를 하려는 경우에는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 미리 지식경제 부장관 에게 신고하여야 한다. 신고한 내용 중 외국인투자금액, 외국인투자비율 (외국인투자기업의 주식등에 대한 외국투자가 소유 주식등의 비율을 말한다 . 이하 같다) 등 대통령령 으로 정하는 사항을 변경할 때에도 또한 같다.

○ 조세특례제한법 제121조의4

① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 그 증자분에 대한 조세감면에 대해서는 제121조의2 및 제121조의3을 준용한다. 다만, 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대해서는 제121조 의2제8항에 따른 주무부장관 또는 지방자치단체의 장과의 협의를 생략할 수 있다 .

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의6

(2014.2.21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

⑤ 법 제121조의4제1항에 따라 증자분에 대하여 조세감면을 적용하는 경우 제116조의2제14항의 외국인투자비율을 계산할 때 법 제143조에 따라 해당 증자분 감면대상 사업을 그 밖의 사업과 구분경리하여 과 세표준 신고를 하는 경우에는 해당 증자분 감면대상 사업을 기준 으로 외국인 투자비율을 계산한 다.

○ 조세특례제한법 제143조

① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업 " 이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하 여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제136조

① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」 제113조 의 규정을 준용한다 .

○ 법인세법 제113조

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산・부채 및 손익을 그 수익 사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

○ 법인세법 시행령 제156조

① 법 제113조제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분 하여 야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부 상 각각 독립 된 계정 과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

○ 법인세법 시행규칙 제75조

① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분 기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경 리하여야 한다 . 이 경우 제76조제6항제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종 이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

○ 법인세법 시행규칙 제76조

⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타 의 사업 의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금 은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간·사용시간·사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다 .

1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업 과 기타 의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

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