연구및인력개발준비금을 결손보전한 경우 적립금의 기한전 처분으로 보는지 여부

1. 질의내용 요약

(사실관계)

ｏ 당해 법인은 영리내국법인(주권상장법인)으로 1999년 사업연도 및 2000년 사업연도에 조세특례제한법 제9조 제1항 및 법인세법 제61조 제1항 의 규정에 의거 연구 및 인력개발준비금(1999년 : 15억원, 2000년 : 12억원)을 당해 사업연도의 이익처분시 적립금으로 적립하고 신고조정에 의하여 손금산입하였고,

- 조세특례제한법 시행령 제8조 제3항 의 규정에 해당하는 연구 및 인력개발비등으로 2000년, 2001년 및 2002년에 적정하게 사용하였음.

ｏ 한편, 당해 법인은 2001년 및 2002년 결손이 발생하여 당초 이익처분으로 적립한 준비금 27억원을 2001년 결손금처리시 기업회계기준에 의거 결손금에 보전하였으며 연구 및 인력개발준비금에 상당하는 금액을 연구 및 인력개발비 등으로 적정하게 사용한 이후인 2003년 배당가능이익이 발생하였으나 추가로 준비금은 재적립하지 아니하고 조세특례제한법 제9조 제2항 에서 규정하는 사업연도에 익금산입하였음.

ｏ 상기 사실관계를 표로 요약하면 다음과 같음.

사업연도

준비금

설정액

익금산입(환입)

1999년

2000년

2001년

2002년

2003년

2004년

2005년

1999년

15억

5억

5억

5억

2000년

12억

4억

4억

4억

합 계

27억

5억

9억

9억

4억

적립금잔액

15억

27억

0

0

0

0

0

결손보전

27억

배당가능이익

결손

결손

30억

30억

30억

(질의내용)

ｏ 상기 사실관계와 같은 상황에 대한 세무처리 등에 대하여 다음과 같이 이견이 있어 질의함.

(질의1)

□ 당초 이익처분으로 적립한 연구 및 인력개발준비금을 결손발생으로 기업회계기준에 의거 결손금에 보전한 후 그 후 최초로 처분가능이익이 발생한 사업연도의 이익처분시 동 준비금에 상당하는 적립금을 다시 적립하지 아니한 경우

ｏ 법인세법 시행령 제98조 제1항 후단 조항에 의하여 당초 손금으로 계상한 것으로 보지 아니하는지 여부

〈갑설〉 결손금에 보전한 후 처분가능이익이 발생하였음에도 적립금을 재적립하지 아니한 것은 손금에 산입한 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에 해당하므로 조세특례제한법 제9조 제2항 의 규정에 의한 익금산입 사업연도가 도래하지 아니한 적립금 상당액은 법인세법 시행령 제98조 제1항 후단 조항에 의하여 당초 손금으로 계상한 것으로 보지 아니하는 것임.

〈을설〉 결손금에 보전한 후 처분가능이익이 발생하였음에도 적립금을 재적립하지 아니한 것은 손금에 산입한 당해 준비금을 익금에 산입하기 전에 그 적립금을 처분한 경우에 해당하지 아니하므로 조세특례제한법 제9조 제2항 의 규정에 의한 익금산입 사업연도가 도래하지 아니한 적립금상당액에 대하여 법인세법 시행령 제98조 제1항 후단 조항을 적용하지 아니함.

(질의2)

□ (질의1)에 대하여 〈갑설〉이 타당한 경우 당해 법인에 대하여는 1999년 및 2000년 사업연도의 손금산입을 부인하고 당해 법인이 준비금환입으로 익금산입한 2003년, 2004년, 2005년 사업연도에 익금불산입을 함에 있어 1999년 및 2000년 사업연도의 추가납부 세액과 관련하여 가산세를 적용할 수 있는지 여부

〈갑설〉 가산세는 의무불이행에 대한 행정상의 제재로서, 납세자에 대한 귀책사유가 없다고 인정되는 경우에 해당하므로 가산세를 적용할 수 없음.

〈을설〉 결손보전 이후 처분가능이익이 발생한 사업연도의 다음 사업연도부터 재적립을 못한 부분에 한해서만 재적립을 못한 연도부터 가산세를 적용하여야 하는 것임.

〈병설〉 당초 준비금을 손금계상한 1999년, 2000년부터 소급 적용하여 가산세를 적용함.

법인세법 제61조 · 법인세법시행령 제98조 · 조세특례제한법 시행령 제8조 · 조세특례제한법 제9조