비영리내국법인의 과세표준신고 특례적용 여부

1. 질의내용 요약

○○학교는 ○○시에서 매월 민간위탁금을 지원받아 은행에 예치하여 운영비로 사용하고 매년말 정산하여 잔액은 ○○시에 반납하고 있는 바, 이자에 대한 법인세 원천징수분 법인세과세표준 및 세액신고를 하지 않아 법인세 환급을 받지 못하였기에 환급받고자 하니 그 절차와 방법은?

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 법인세법 제62조

① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득” 이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정)

○ 법인세법시행령 제99조

① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. (1998. 12. 31 개정)

② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. (1998. 12. 31 개정)

나. 관련 예규

○ 법인46012-2264, 1999. 6. 16

비영리법인의 이자소득에 대하여는 이를 각 사업연도의 소득에 합산하여 법인세과세표준과 세액을 신고ㆍ납부하거나 이자소득 수령시 원천징수 된 것으로 법인세 납세의무가 종결되는 방법중 하나를 법인이 선택할 수 있는 것이며,

법인이 이자소득을 각 사업연도의 소득에 합산하여 법인세를 신고ㆍ납부하고자 하는 경우에는 법인세법에서 규정하는 기한내에 법인세 과세표준과 세액을 신고하여야 하며, 동 신고기한내에 신고하지 아니한 경우에는 원천징수방법에 의하여 법인세 납세의무가 종결하는 것이며

따라서 신고기한내에 법인세 과세표준과 세액을 신고하지 아니한 경우에는 원천징수로 납부한 세액을 환급받을 수 없는 것임.

법인세법 제62조