관리처분계획인가가 변경된 경우 장기보유특별공제 보유기간 계산

1. 사실관계

- 2003. 7월 서울 서초구 소재 주택(A주택) 취득

- 2016. 7월 A주택 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축 관리처분계획 인가

- 2018. 3월 재건축 관리처분계획 변경 인가

- 2018. 12월 조합원입주권 양도

2. 질의내용

○ 최초 관리처분계획인가 되고 추후 관리처분계획인가가 변경된 경우 장기보유특별공제 보유기간 계산시 적용 시점

3. 관련법령

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2012.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1, 2015.12.15, 2017.2.8, 2017.12.19>

(이하 생략)

○ 소득세법시행령 제166조

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

1.∼ 2. 생 략

②∼④ 생 략

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. <신설 2007.2.28, 2013.2.15, 2018.2.9>

1. 제1항제1호의 관리처분계획 등 인가전 양도차익 및 제1항제2호나목에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획등 인가일까지의 기간

2. 제2항제1호에 따른 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간

가. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획등 인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

나. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

(이하 생략)

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 부동산거래관리과-827, 2010.06.17.

구「주택건설촉진법」제33조 및 같은 법시행령제32조에 따라 최초 주택재건축 사업계획승인일 (2005.5.31.이전)이후에 조합원의 지위를 승계취득한 후 주택재건축의 시공사가 변경되어 사업계획변경승인을 얻은 경우, 「소득세법 시행령」제154조제1항의 주택 보유기간 계산, 같은 법시행령제166제5항의 양도차익을 산정함에 있어 주택재건축 사업계획승인일은 최초의 사업 계획승인일로 하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담4팀-1864, 2004.11.18.

구 주택건설촉진법 제33조 및 동법시행령 제32조의 규정에 의하여 최초 사업계획승인을 받은 후 재건축 세대수의 일부 증가, 재건축연면적 감소 등의 일부사항이 변경되어 사업계획변경 승인을 얻은 경우, 구 소득세법시행령(대통령령 제17825호, 2002.12.30. 개정) 제166조 제5항 제1호에서 규정하는 사업계획승인일이란 최초의 사업계획승인일을 의미하는 것입니다.

○ 재산세과-1389, 2009.07.09.

「소득세법 시행령」 제156조의5 제5항 (대체주택 비과세 특례) 제1호를 적용함에 있어 주택 재개발사업이 시행되는 지역의 추가편입으로 당초 사업시행인가에 대한 변경인가가 있는 경우 당초 편입된 지역의 사업시행인가일은 당초 사업시행인가고시일이 되는 것임

○ 서면인터넷방문상담4팀-3187, 2006.09.15

「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가가 무효로 되고 다시 새로운 관리처분계획의 인가를 받은 경우 그 새로운 인가일에 당해 정비사업조합의 조합원이 입주자로 선정된 지위(이하 “입주권”이라 함)를 취득한 것으로 보는 것이며, 그 새로운 인가일이 2006. 1. 1 이후인 경우에는 당해 입주권은「소득세법」제89조 제2항 규정의 “조합원입주권”에 해당하는 것입니다.

○ 서면인터넷방문상담5팀-1401, 2006.12.28

귀 질의의 경우 「소득세법 시행령」 제156조 2 제5항 규정을 적용함에 있어, 주택재건축사업의 사업시행인가가 있은 이후 소형평형 의무화에 따른 설계변경으로 당초 사업시행인가에 대한 변경인가가 있는 경우 당해 주택재건축사업의 시행기간은 당초 사업시행인가일부터 시작하는 것임.

○ 서면5팀-846, 2007.03.14

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위(이하 입주권이라 함)는 「소득세법」제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당하며, 당해 입주권의 취득시기는 부동산을 분양받을 수 있는 권리가 확정되는 날로 하는 것으로서 이는 주택재개발사업의 경우 관리처분계획인가일, 주택재건축사업의 경우 사업시행인가일(구 사업계획승인일 포함)이 되는 것이나, 2005.5.31. 이후에 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가를 받는 분부터는 주택재개발ㆍ재건축사업 모두 관리처분계획의 인가일(지방자치단체의 공보에 고시한 날을 말함)이 되는 것임.

2. 생략

○ 서면4팀-231, 2006.02.09.

「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 1세대 1주택 비과세규정을 적용함에 있어서 주택이라 함은 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 상시 주거용으로 사용하는 건물을 말하는 것이며, 주택으로 사용하던 건물을 장기간 공가 상태로 방치하여 건축법상 건축물로 볼 수 없을 정도로 폐가가 된 경우에는 주택으로 보지 아니하는 것으로, 귀 질의의 경우가 이에 해당하는지의 여부는 사실확인하여 판단할 사항임.

소득세법시행령 제166조 · 소득세법시행령 제156조 · 소득세법시행령 제154조 · 조세특례제한법 제32조 · 소득세법 제95조 · 소득세법 제94조 · 소득세법 제89조 · 조세특례제한법 시행령 제29조