기업구조조정 전문회사에 대한 세제지원 중 “최초로 취득한 주식” 적용방법

1. 질의내용 요약

<질의 1>

○ 부실채권의 매입ㆍ매출에 따른 매매차익, 이자수입 등을 주업으로 영위하는 산업발전법에 의하여 설립된 기업구조 조정전문 사업자(부가가치세 과세사업자가 아님)가 사무실 임대료 등 운영경비가 발생하여 관련 매입세금계산서를 교부받는 경우 관련매입세액을 매출세액에서 공제받을 수 있는지 여부 등

<질의 2>

○ 기업구조조정 전문회사에 대한 세제지원 중 조세특례제한법 제55조 제4항 에서 규정하는 “최초로 취득한 주식”을 어떻게 적용하여야 하는지 여부 등

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제1조

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

○ 부가가치세법 제6조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제17조 제2항

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

○ 조세특례제한법 제55조 제4항

④ 거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사(이하 이 조와 제117조ㆍ제119조 및 제120조에서 “기업구조조정투자회사” 라 한다)에 2003년 12월 31일 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니하며, 2003년 12월 31일까지 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사로부터 받는 배당소득에 대하여는 소득세법 제14조 제4항 의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 8. 14 개정)

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등)

○ 부가46015-5035, 1999.12.27

당사는 1999. 6. 1 산업발전법 제14조 제3항 의 규정에 의하여 기업구조조정전문회사로 등록된 업체임. 당사가 주식, 채권, 유가증권 등을 양도하고 시세차익을 획득하는 경우 부가가치세 과세대상인지, 면세대상인지, 아니면 부가가치세 과세거래가 아닌지 등

1. 부가가치세의 과세대상은 재화 또는 용역의 공급과 재화의 수입으로서 유가증권(주식, 채권 등)의 매매는 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하는 것임.

2. 산업발전법 제14조 의 규정에 의하여 산업자원부장관에게 등록한 기업구조조정전문회사가 자회사(주식 또는 지분의 취득 등에 의하여 그 경영권을 행사하고 있는 기업)를 통하여 구조조정대상기업을 직접 합병하거나 영업 또는 자산을 매입한 후 이를 정상화하여 매각하는 경우에 실제로 재화를 공급받거나 공급하는 자는 당해 전문회사의 자회사가 되는 것으로 당해 전문회사의 부가가치세 과세문제는 발생하지 아니하는 것임.

○ 부가46015-1800, 1998.08.11

사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 과세사업과 관련없이 교부받은 세금계산서상의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것임.

○ 서일46014-10651, 2002.05.16

거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사에 2003. 12. 31 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니하며, 이 경우 감면받은 세액에 대하여는 농어촌특별세가 과세되는 것임.

부가가치세법 제1조