법원의 판결에 의하여 월 임대료가 변경된 경우 부가가치세의 수정신고납부

1. 질의내용 요약

○ 본인은 부동산 임대업을 하는 개인사업자입니다.

1) 본인은 업무용사무실을 임대하고 임대보증금 30,000,000원에 월임대료 1,100,000원(부가세포함)에 임대를 하고 1997년 10월까지 받았습니다.

그후 임대료를 조정하여 아래와 같이 세금계산서를 발행하고 신고하였습니다.

- 1997년 11월부터 - 1998년 10월까지 월임대료 1,276,000원(부가세포함)

- 1998년 11월부터 - 1998년 12월까지 월임대료 660,000원(부가세포함)

- 1999년 01월부터 - 2000년 02월까지 월임대료 1,100,000원(부가세포함)

2) 그런데 임차인이 임대료를 1997년 11월부터 납부하지 않아 법원에 소송을 제기하여 1999년 10월 20일 월임대료 1,100,000원(부가세포함)으로 1997년 11월부터 명도일까지 보증금에서 공제하라는 판결을 받았습니다.

3) 임차인은 2000년 2월 10일 사무실을 이전하여 보증금 30,000,000원에서 그 동안 밀린 임대료 30,470,000원(1,100,000×27개월 21일분)을 공제한 결과 과부족액 470,000원이 발생하였습니다.

[질의]

위와 같이 신고(수정신고포함)나 납부기간이 모두경과한 시점에서 법원판결에 따라 1997년 11월부터 - 명도일까지 월1,100,000원(부가세포함) 계산할 경우 이미 월임대료 1,276,000원(부가세포함)으로 더 신고한 부분과 월임대료 660,000원(부가세포함)으로 모자라게 신고한 부분에 대한 세금계산서 발행과 부가가치세 납부는 어떻게 하여야 하는지 여부와 모자라게 신고한 부분도 전체적으로 볼 때 임대보증금과 부가세 납부를 수정신고 하여야 하는지의 여부

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제16조

○ 부가가치세법 시행령 제59조

○ 국세기본법 제45조

부가가치세법 제16조