계약 변경으로 과세 재화 중 일부를 면세재화로 공급받는 경우 세금계산서 발급방법 등

○ “☆☆☆☆(주)”(이하 “질의법인” 이라 함)는 공장 증설을 위하여 ○○○○(이하 “공사” 라 함)로부터 토지 및 지상물(12건)을 매입하기로 계약을 체결한 후

- 2014년 6월 중도금 지급 시 6건의 지상물에 대한 세금계산서를 발급받았으나 철거를 예상하여 부가가치세 매입세액은 불공제하기로 부가가치세 신고를 함

○ 질의법인의 사업계획이 변경되어 당초에 발급받은 세금계산서에 해당하는 지상물과 세금계산서가 발급되지 아니한 지상물 중 3건은 공사의 비용으로 철거하여 토지로 공급받고

- 나머지 지상물 3개는 당초 계약대로 공급받아 그대로 사용하는 것으로 계약을 변경하고자 함

2. 질의내용

○ 과세되는 재화를 공급받은 후 계약 변경으로 과세재화 중 일부를 면세대상 재화로 공급받는 경우 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고 방법

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제32조

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서 또는 수정한 전자세금계산서를 발급할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제70조

① 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음의 표시를 하여 발급

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조

법 제39조제1항제7호에서 “대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액”이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

○ 서면인터넷방문상담3팀-848, 2006.5.9

사업자가 (구)「부가가치세법」제16조제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초 계약내용의 변경사유가 발생하여 거래당사자간의 합의에 의하여 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 같은 법 시행령 제59조의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것임

○ 부가46015-4937, 1999.12.16

사업자가 계약에 의하여 재화나 용역을 공급한 후 당초 계약내용의 변경사유가 발생하여 거래당사자간의 합의에 의하여 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 (구) 「부가가치세법 시행령」제59조의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며

부가가치세법 시행령 제70조 · 부가가치세법 시행령 제80조 · 부가가치세법 제16조 · 부가가치세법 제29조 · 부가가치세법 제32조 · 부가가치세법 제39조 · 부가가치세법 시행령 제59조