비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업이 수익사업에 해당하는지 여부

1. 사실관계

○ (사)○○○○○○협회(이하 ‘질의법인’이라 함)는「민법」제32조에 따라 중소벤처기업부의 허가로 설립된 비영리내국법인에 해당(’12.9월 설립)

* 질의법인은 법령 §39①(1)바목에 따라 기획재정부 장관이 지정·고시하는 공익법인에 해당

○ 질의법인은 중소벤처기업부로부터 ‘2021년 벤처 캐피탈 선진화 사업’을 위탁받아 수행(협약금액 총 1,154백만원)

- 위탁사업인 ‘엔젤투자 활성화 및 지역엔젤투자허브 운영*’은 질의법인의 정관에서 정하는 고유목적사업에 해당

* 중소벤처기업의 투자 활성화를 위해 펀드 운영 및 투자관련 네트워크 구축 등

(정관의 목적사업) 엔젤투자자 및 엔젤투자기관을 위한 각종 투자설명회 개최 및 지원, 엔젤투자자 및 엔젤투자기관 간의 국내외 네트워킹 및 협력에 관한 사업, 엔젤투자 시장의 육성 및 확대사업 등

- 위탁사업 수행으로 발생되는 일체의 수익금(사업비 집행잔액 및 이자)을 중소벤처기업부에 반납하고, 사업비는 실 소유 경비*에만 사용

* 정규직 직원보수, 사무용품비, 인쇄비 등으로 사용되는 내역을 사업 예산표에서 확인

2. 질의내용

○ 비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하는 경우 그 수행하는 사업이 법인세법상 수익사업에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제4조

① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

4. 제56조에 따른 미환류소득

② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도매업ㆍ소매업, 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득

3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득

4. 주식ㆍ신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입

7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

④ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조에 따른 국내원천소득(이하 "국내원천소득"이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득만 해당한다.

○ 법인세법 시행령 제3조

① 법 제4조제3항제1호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

8. 금융 및 보험 관련서비스업중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업

가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원·채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업

나. 「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」 및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

다. 「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

라. 「금융회사부실자산 등의 효율적 처리 및 한국자산관리공사의 설립에 관한 법률」에 따른 구조조정기금을 통한 부실자산 등의 인수 및 정리와 관련한 사업

마. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

바. 「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업

16. 제1호, 제2호, 제2호의2, 제3호부터 제15호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업

○ 법인세법 시행령 제56조

⑤ 법 제29조제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다.

○ 법인세법 제29 조

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

1. 다음 각 목의 금액

가. 「소득세법」 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액

나. 「소득세법」 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.

다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

4. 관련예규 등

○ 서면-2016-법령해석법인-5039, 2017.05.29.

비영리내국법인이 국가로부터 위탁받은 사업을 수행하면서 사업집행자금을 지급받고, 사업 종료 후 사업집행자금의 미집행잔액 및 사업기간 중 발생한 이자 등을 포함한 일체의 손익을 정산하여 국가에 반납함으로써 해당 사업의 손익이 전부 국가에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것이나, 그 손익의 전부 또는 일부가 비영리내국법인에 귀속되는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하는 것임

○ 서면-2014-법령해석법인-19555, 2015.07.21.

공단이 방사성폐기물 발생자로부터 방사성폐기물 관리비용을 징수하는 사업과 방사성폐기물 관리기금의 관리운용 사무를 위탁받아 수행하는 사업은 수익사업에 해당하지 않고, 중・저준위방사성폐기물 운반사업은 수익사업에 해당함

○ 서면-2016-법인-3265, 2016.06.13.

비영리법인이 국가로부터 위탁받은 위험물 검사용역 사업을 영위하면서 위・수탁협약에 따라 해당사업에서 발생한 손익이 실질적으로 국가에 귀속될 경우, 해당사업에 대해서는 「법인세법」제2조제3항에 따라 법인세가 과세되지 아니하는 것임

○ 서면-2018-법인-2750, 2019.01.03.

공단이 산업통상자원부장관으로부터 자금의 관리운용에 관한 사무를 위탁받아 관리운용하면서 이에 소요되는 경비를 자금에서 집행하고 매년 정산하여 잔액은 다시 반환하는 경우 해당 사업은 수익사업에 해당하지 아니하는 것임

○ 기획재정부 법인세제과-644, 2018.05.26.

기술보증기금이 기본재산으로 출연 받는 출연금은 「법인세법」제3조제3항에 따른 비영리내국법인의 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것임

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