부득이한 사정으로 등기 이전할 수 없는 농지에 대한 세무처리

1. 질의내용 요약

- A법인이 그 등기이전 되지 않은 농지를 제3자에게 매각한 경우, 실제 양도세 등 과세는 A법인과 등기명의인인 B임원중 누구에게 부과되며, 실질소유자인 A법인과 등기명의인인 B임원 중 제3자와의 계약당사자가 누구인지

- A법인이 그 이전 등기되지 않은 농지를 공부상의 등기명의인인 B임원에게 매각할 경우

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 국세기본법 제14조

① 과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 법인세법 제4조

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득․수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

○ 법인세법시행령 제11조

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. (1998.12.31. 개정)

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액 (1998.12.31. 개정)

나. 관련 기존 예규

○ 제도 46012-11819, 2001.06.30.

귀 질의의 경우 법인의 자산 또는 사업에서 생기는 수입은 거래명의에 불구하고 그 수입이 실질상 귀속되는 법인의 수입금액으로 하여 법인세법 제4조 의 실질과세를 적용하는 것으로

그 거래의 실질내용은 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행(지급조건, 지급방법 등을 포함) 및 구체적인 정황을 기준으로 판단하는 것임.

○ 서면2팀-1890, 2005.11.24.

(사실관계)

법인이 종업원 복지를 위하여 콘도회원권을 실제 구입하였으나 법인명의가 아닌 대표자 명의로 등록을 한 경우 법인 자금으로 지출이 되고 법인 장부에 자산으로 계상한 후 회원권의 보관, 관리, 운영은 회사 내부규정에 따라 이루어지고 있으며 회원권의 취득 및 유지비용은 전액 회사 비용으로 지급하고 있음.

(질의내용)

등록이 비록 법인 대표자 개인 명의로 되어 있으나 실질적인 소유권이 법인에 있고 법인의 장부에 자산으로 계상 되어 법인 내부규정에 따라 관리ㆍ운영되는 경우 실질과세 원칙에 따라 법인의 자산으로 볼 수 있는지 여부와 회원권의 유지비용을 복리후생비로 손금에 산입하는지 여부

법인이 취득한 자산이 당해 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보아 세법을 적용하는 것으로 당해 자산의 유지비용은 법인의 손금에 산입하는 것이며

이 경우 사실상 당해 법인이 취득하였는지 여부는 건전한 사회통념, 통상 사인간의 상관행, 구체적인 증빙 및 거래당시의 정황 등을 기준으로 사실 판단하는 것임

나. 관련 기존 예규

○ 서이 46012-10697, 2001.12.08.

(상황)

1. 당사는 1999년 9월에 설립하여 시에서 발주하는 상하수도 공사를 전문으로 하는 전문건설업체로 경기불황과 발주 물량의 감소로 자금의 어려움을 해소하고자 2001. 3. ○○시 ○○동 ○○번지 대지를 법인에서 법인 명의로 법인 자금으로 매입하고 등기한 상태에서 건물을 신축하여 분양을 하고자 하였음. 그런데 대표이사가 건축사에 설계 및 건축허가 계약 시 무지로 법인․개인 구분을 착각하여 개인 명의로 건축허가를 얻어 준공 전 명의 변경을 아니 하여 이를 알지 못하는 건축사무소에서 대표이사 개인 명의로 준공신고를 하여 건축물 관리대장에 대표이사 개인 명의로 등재가 되었음. 당사는 이를 바로잡아보려고 노력하였지만 시청에서는 불가하다는 통보를 최종적으로 받아 부득이 건물의 등기를 대표이사 개인 명의로 하게 되었음.

2. 이 문제를 해당 세무서에 문의한 결과 국세기본법에 실질과세의 원칙으로 법인에서 수입과 지출을 계산할 수 있다라고 하였음. 이에 이사회를 개최하여 모든 수입과 경비를 법인에서 집행하기로 결의하였고 현재 일부 분양에 대해서는 법인에서 수입을 계상하여 세금계산서를 발행하였음. 물론 모든 경비(건축비 등)도 법인에서 집행하였음.

(질의사항)

① 건물이 법인소유가 명백함으로 법인자산으로 계상하여야 하는지.

② 법인으로 등기된 토지만 법인자산으로 계상하고 건물은 대표이사 개인의 자산으로 계상하여 상호 동업으로 임대 및 매매업 소득을 신고 납부하여야 하는지.

③ 기타 관련되는 세법 적용 여부

법인세법 제4조 · 국세기본법 제14조 · 법인세법시행령 제11조